این برنامه لینوکس به نام ISVASE است که آخرین نسخه آن را می توان با نام ISVASE1.1.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام ISVASE را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
اسکرین شات ها:
ISVASE
DESCRIPTION:
برای تولید mRNA های بالغ صحیح، اگزون ها باید با مکانیسم پیرایش RNA شناسایی و به طور دقیق و کارآمد به یکدیگر متصل شوند. لازم به ذکر است که حدود یک سوم یا نیمی از تمام جهش‌های ایجاد کننده بیماری بر پیوند RNA تأثیر می‌گذارند. با این حال، ابزارهای بیوانفورماتیک کمی برای شناسایی مستقیم انواع توالی مرتبط با رویدادهای پیوند (SVASE) بر اساس داده‌های RNA-seq وجود دارد. ما ISVASE را توسعه دادیم، یک ابزار ساده و راحت برای شناسایی مستقیم SVASE با استفاده از داده‌های RNA-seq. در مقایسه با نرم افزار موجود PVAAS، روش ما دارای چندین مزیت از جمله فیلترهای سختگیرانه وابسته به قانون و فیلترهای آماری در هر مرحله، انواع توالی تشخیص برای رویدادهای اتصال شناخته شده، انواع توالی شناسایی در دو بخش از اتصال (اتصال) به طور جداگانه، تشخیص تغییر محل اتصال است. وقایع در صورت ارائه حاشیه نویسی پیوند شناخته شده، ارزیابی سیگنال پیرایش، مقایسه با جهش شناخته شده DNA و/یا داده های ویرایش RNA، و زمان اجرای کوتاه.
امکانات
- این اولین ابزار برای شناسایی نوع توالی مرتبط با رویداد اسپلایسینگ برای انواع جدید اسپلایسینگ و انواع اسپلایسینگ شناخته شده است.
- ISVASE ابتدا انواع توالی را برای هر نوع اسپلایسینگ شناسایی می‌کند، سپس انواع توالی را برای همه انواع پیوندهای مرتبط (شروع یا پایان اتصال یکسان) برای تجزیه و تحلیل مقایسه و آزمون آماری شناسایی می‌کند.
- ISVASE انواع توالی را برای هر دو قسمت اتصال به طور جداگانه شناسایی و قضاوت می کند، که می تواند تأثیر انواع توالی را برای قسمت های مختلف اتصال متمایز کند.
- ISVASE چندین فیلتر سختگیرانه وابسته به قانون و فیلترهای آماری را در مراحل مختلف اعمال می کند.
- ISVASE رویدادهای تغییر اتصال و سیگنال های اتصال (5' ss و 3' ss) را برای حذف انواع اتصال نادرست در نظر می گیرد.
- ISVASE می تواند از داده های جهش DNA و ویرایش RNA ارائه شده توسط کاربر برای تعیین نوع منبع انواع توالی استفاده کند.
- ISVASE توالی طرفینی از انواع توالی را برای جستجوی موتیف تقویت کننده پیرایش خارجی به دست می آورد.
- ISVASE می تواند فایل متغیر توالی پیش فرض را برای حاشیه نویسی انواع به فایل فرمت ورودی ANNOVAR تبدیل کند.
- ISVASE از 8 شکل برای نشان دادن ویژگی های انواع توالی مرتبط با رویدادهای اتصال استفاده می کند.
مخاطبان
علم/تحقیق
زبان برنامه نویسی
پرل
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/isvase/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.