این برنامه لینوکس با نام PTESFinder است که آخرین نسخه آن را می توان با نام ptesfinder_v1.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام PTESFinder را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
PTESFinder
DESCRIPTION:
PTESFinder یک خط لوله محاسباتی برای شناسایی رویدادهای مختلط اگزون پس از رونویسی از داده‌های RNAseq با کارایی بالا است. PTESFinder از قدرت ابزارهای RNASeq استفاده می کند و به طور سیستماتیک تمام کلاس های شناخته شده ساختارهای مثبت کاذب را با اعمال فیلترهای سختگیرانه طراحی شده برای هدف قرار دادن این موارد مثبت کاذب حذف می کند. PTESFinder کیفیت تراز نگاشت خواندن را با ساختارهای احتمالی PTES با کیفیت های مشابه در هنگام نگاشت به مناطق ژنومی و رونوشت های متعارف متصل مقایسه می کند. این رویکرد اعتماد به خواندن PTES را افزایش می دهد. خوانش‌های ناشی از رویدادهای تغییر الگو، اغلب زمانی که با رونوشت تراز می‌شوند، با ایندل‌های بزرگ مشخص می‌شوند. PTESFinder از فیلترهای اضافی برای حذف خواندن با ترازهای مبهم در اطراف اتصالات اگزون-اگزون PTES استفاده می کند، که باعث افزایش بیشتر اطمینان در این خواندن های پشتیبانی می شود. PTESFinder ساختارهای PTES بیشتری را نسبت به سایر روش های منتشر شده شناسایی می کند در حالی که ویژگی بالا را حفظ می کند.
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
یونیکس شل، جاوا
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.