این برنامه لینوکس با نام QUASR است که آخرین نسخه آن را می توان با نام QUASR_v6.08.tar دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن به نام QUASR را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
اسکرین شات ها:
QUASR
DESCRIPTION:
QUASR یک خط لوله سبک وزن است که برای پردازش و تجزیه و تحلیل داده های توالی یابی نسل بعدی (NGS) از پلتفرم های Illumina، 454 و Ion Torrent نوشته شده است. اگرچه در اصل برای داده های ویروسی نوشته شده است، اما به اندازه کافی عمومی است که بر روی هر مجموعه داده NGS کار کند. توابع عبارتند از:
حذف تکراری
مالتی پلکسینگ
حذف پرایمر
نمودار تضمین کیفیت (QA).
کنترل کیفیت (QC)
نسل اجماع
تعیین نوع اقلیت
نمودارهای اقلیتی
نسخه اصلی فعلی 6.X است که در Python3 نوشته شده است. 7.X بازنویسی من در جاوا است، اما هنوز کار در حال پیشرفت است. هر دو به گونه ای نوشته شده اند که تا حد امکان سبک وزن باشند تا بتوانند با حداقل حافظه مورد نیاز روی دسکتاپ یا لپ تاپ و همچنین در یک کلاستر محاسباتی اجرا شوند.
اگر با QUASR مشکلی دارید، لطفاً با آدرس ایمیل ارائه شده در README با من تماس بگیرید.
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
پــایتــون
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/quasr/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.