این برنامه لینوکس با نام SnowyOwl است که آخرین نسخه آن را می توان با نام SnowyOwl-2.0.3.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام SnowyOwl را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
اسکرین شات ها:
SnowyOwl
DESCRIPTION:
SnowyOwl یک خط لوله پیش‌بینی ژن است که از داده‌های RNA-Seq برای آموزش و ارائه نکاتی برای تولید پیش‌بینی‌های ژن مبتنی بر مدل مارکوف پنهان (HMM) و ارزیابی مدل‌های حاصل استفاده می‌کند. این خط لوله با مقایسه پیش‌بینی‌های آن با مدل‌های ژنی دستی در سه ژنوم قارچ تأیید و ساده‌سازی شده است، و نتایج آن افزایش قابل‌توجهی در حساسیت و انتخاب‌پذیری نسبت به پیش‌بینی‌های ژنی قبلی نشان می‌دهد. حساسیت با اجرای مکرر پیش‌بینی‌کننده ژن HMM آگوستوس با پارامترهای ورودی متنوع، و گزینش با انتخاب مدل‌هایی با بهترین همولوژی با پروتئین‌های شناخته‌شده و بهترین تطابق با داده‌های RNA-Seq به دست می‌آید. SnowyOwl ژن ها را در 26 ژنوم جدید قارچی با موفقیت پیش بینی کرده است.
خط لوله را می توان به صورت محلی برای توان عملیاتی بالا و کنترل بر پیکربندی نصب کرد. همچنین می توان آن را بر روی یک سرور راه دور از طریق یک رابط وب مناسب برای استفاده گاه به گاه اجرا کرد.
امکانات
- پیش‌بینی ژن با استفاده از داده‌های RNA-Seq
- حساسیت و ویژگی بالا
- خط لوله با مدل‌های ژنی که به‌صورت دستی انتخاب شده‌اند، ساده‌سازی و تأیید شد
- بسیار قابل تنظیم
- پیکربندی پیش‌فرض برای قارچ‌های آسکومیست و بازیدیومیست
- برای کنترل و انعطاف پذیری، به صورت محلی نصب و اجرا کنید
- برای راحتی از راه دور از طریق یک رابط وب اجرا کنید
مخاطبان
علم/تحقیق، کاربران نهایی پیشرفته
رابط کاربری
مبتنی بر وب، خط فرمان، GTK+
زبان برنامه نویسی
پایتون، پی اچ پی
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/snowyowl/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.