این یک برنامه ویندوزی به نام clusterProfiler است که آخرین نسخه آن را می‌توانید با نام clusterProfilersourcecode.tar.gz دانلود کنید. این برنامه را می‌توان به صورت آنلاین در ارائه دهنده خدمات میزبانی وب رایگان OnWorks برای ایستگاه‌های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام clusterProfiler را به همراه OnWorks به صورت رایگان دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. هر شبیه ساز آنلاین OS OnWorks را از این وب سایت راه اندازی کنید، اما شبیه ساز آنلاین ویندوز بهتر است.
- 5. از OnWorks Windows OS که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. برنامه را دانلود و نصب کنید.
- 7. Wine را از مخازن نرم افزار توزیع لینوکس خود دانلود کنید. پس از نصب، می توانید روی برنامه دوبار کلیک کنید تا آنها را با Wine اجرا کنید. همچنین می توانید PlayOnLinux را امتحان کنید، یک رابط کاربری فانتزی بر روی Wine که به شما کمک می کند برنامه ها و بازی های محبوب ویندوز را نصب کنید.
Wine راهی برای اجرای نرم افزار ویندوز بر روی لینوکس است، اما بدون نیاز به ویندوز. Wine یک لایه سازگار با ویندوز منبع باز است که می تواند برنامه های ویندوز را مستقیماً بر روی هر دسکتاپ لینوکس اجرا کند. اساساً، Wine در تلاش است تا به اندازه کافی از ویندوز را از ابتدا مجدداً پیاده سازی کند تا بتواند همه آن برنامه های ویندوز را بدون نیاز به ویندوز اجرا کند.
اسکرین شات ها:
clusterProfiler
DESCRIPTION:
clusterProfiler یک بسته R/Bioconductor است که یک گردش کار یکپارچه برای تجزیه و تحلیل غنی‌سازی عملکردی برای تفسیر نتایج اومیکس با توان عملیاتی بالا ارائه می‌دهد. این بسته از هر دو تجزیه و تحلیل بیش از حد نمایش و تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعه ژن پشتیبانی می‌کند و به شما امکان می‌دهد با لیست‌های ژنی رتبه‌بندی نشده یا آمار رتبه‌بندی شده از خطوط لوله دیفرانسیلی کار کنید. این بسته از طریق یک رابط کاربری سازگار به پایگاه‌های دانش متعدد - مانند هستی‌شناسی ژن، KEGG، Reactome، هستی‌شناسی بیماری، MeSH و موارد دیگر - متصل می‌شود، بنابراین می‌توانید بدون بازنویسی کد، لنزهای بیولوژیکی مختلف را جستجو کنید. این بسته برای وسعت طراحی شده است و ویژگی‌های کدگذاری و غیر کدگذاری و هزاران ارگانیسم را با استفاده از حاشیه‌نویسی‌های مداوم به‌روزرسانی شده پوشش می‌دهد. نتایج در ساختارهای مرتب و قابل دستکاری بازگردانده می‌شوند و به طور طبیعی با توابع تجسم غنی (از طریق ابزار همراه) جفت می‌شوند تا مسیرها، اصطلاحات و روابط مجموعه ژن را خلاصه کنند.
امکانات
- گردش‌های کاری یکپارچه ORA و GSEA در منابع حاشیه‌نویسی متعدد
- پشتیبانی گسترده از گونه‌ها با استفاده از حاشیه‌نویسی‌های ژنی به‌روز
- خروجی‌های مرتب که به طور تمیز با خطوط داده R پایین‌دستی ادغام می‌شوند
- تجسم داخلی نتایج غنی‌سازی از طریق ابزارهای ترسیم همراه
- ابزارهای مقایسه چند گروهی (مثلاً compareCluster) برای تحلیل شرایط متقابل
- راهنماها و تصاویر دقیق برای مطالعات غنی‌سازی تکرارپذیر و پیوسته
زبان برنامه نویسی
R
دسته بندی ها
این برنامه‌ای است که می‌توان آن را از https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/ نیز دریافت کرد. این برنامه در OnWorks میزبانی شده است تا بتوان آن را به ساده‌ترین روش از یکی از سیستم‌های عامل رایگان ما به صورت آنلاین اجرا کرد.