این برنامه ویندوز با نام NGSEP است که آخرین نسخه آن را می توان با نام NGSEPwindows_4.1.0.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام NGSEP را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. هر شبیه ساز آنلاین OS OnWorks را از این وب سایت راه اندازی کنید، اما شبیه ساز آنلاین ویندوز بهتر است.
- 5. از OnWorks Windows OS که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. برنامه را دانلود و نصب کنید.
- 7. Wine را از مخازن نرم افزار توزیع لینوکس خود دانلود کنید. پس از نصب، می توانید روی برنامه دوبار کلیک کنید تا آنها را با Wine اجرا کنید. همچنین می توانید PlayOnLinux را امتحان کنید، یک رابط کاربری فانتزی بر روی Wine که به شما کمک می کند برنامه ها و بازی های محبوب ویندوز را نصب کنید.
Wine راهی برای اجرای نرم افزار ویندوز بر روی لینوکس است، اما بدون نیاز به ویندوز. Wine یک لایه سازگار با ویندوز منبع باز است که می تواند برنامه های ویندوز را مستقیماً بر روی هر دسکتاپ لینوکس اجرا کند. اساساً، Wine در تلاش است تا به اندازه کافی از ویندوز را از ابتدا مجدداً پیاده سازی کند تا بتواند همه آن برنامه های ویندوز را بدون نیاز به ویندوز اجرا کند.
اسکرین شات ها:
NGSEP
DESCRIPTION:
NGSEP یک چارچوب یکپارچه برای تجزیه و تحلیل داده های توالی یابی با توان بالای DNA است. کاربرد اصلی NGSEP ساخت و تجزیه و تحلیل پایین دست مجموعه داده های بزرگ از تنوع ژنومی است. NGSEP تشخیص و ژنوتیپ دقیق انواع تک نوکلئوتیدی (SNVs)، ایندل های کوچک و بزرگ، تکرارهای پشت سر هم کوتاه (STRs)، وارونگی ها، و گونه های شماره کپی (CNVs) را انجام می دهد. NGSEP همچنین ماژول هایی را برای حاشیه نویسی عملکردی، فیلتر کردن، تبدیل قالب، مقایسه، خوشه بندی، انتساب، تجزیه و تحلیل درونگرا و انواع مختلف آمار ارائه می دهد. لیست کاملی از عملکردها در ویکی ما موجود است (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
اخبار: ما به تازگی اولین نسخه از اسمبلر ژنوم de-novo خود را در دسترس قرار دادیم. جزئیات بیشتر در ویکی موجود است.
امکانات
- مجموعه ژنوم های De-Novo
- تراز خواندن خام به ژنوم مرجع
- SNPs، CNVs و تشخیص انواع ساختاری
- دستکاری VCF: حاشیه نویسی کاربردی، ادغام، فیلتر، مقایسه، تبدیل قالب، انتساب
- Demultiplexing را می خواند
- هم ترازی مجموعه های ژنوم مشروح
- آمار و فیلتر روی annptations رونویسی در قالب GFF3
مخاطبان
صنعت مراقبت های بهداشتی، علم/تحقیق، سایر مخاطبان، کشاورزی
رابط کاربری
جاوا SWT، کنسول/ترمینال، Eclipse
زبان برنامه نویسی
جاوه
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/ngsep/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.