Il s'agit de la commande autodock4 qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
autodock - amarrage de ligands chimiques aux récepteurs protéiques
SYNOPSIS
autodock4 [Options]
DESCRIPTION
AutoDock effectue l'amarrage automatisé des composés chimiques aux protéines, c'est-à-dire qu'il prédit
comment de petites molécules, telles que des substrats ou des candidats-médicaments, se lient à un récepteur de 3D connu
structure.
L'AutoDockSuite se compose de deux programmes principaux dont AutoDock effectue l'amarrage de
le ligand à un ensemble de grilles décrivant la protéine cible et AutoGrid pré-calcule
ces grilles.
OPTIONS
-p nom_fichier_paramètre
-l nom_fichier_journal
-o Utilisez l'ancien format PDBQ, chargez q dans les colonnes 55-61
-k Conserver les numéros de résidus d'origine
-i Ignorer la vérification des en-têtes
-t Analysez le fichier PDBQ pour vérifier les torsions, puis arrêtez.
-c < command_file Mode de commande, par fichier
-c | control_program Mode commande, par control_program
EXEMPLE
Sur Debian, le répertoire /usr/share/doc/autodock propose des exemples à exécuter. Changer pour ça
répertoire et décompressez (en tant que root) les fichiers de carte gzippés, puis exécutez AutoDock comme indiqué
ci-dessous :
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
L'interprétation des résultats est facilitée par la suite AutoDockTools. Veuillez également inspecter le
tutoriels offerts en ligne.
Utilisez autodock4 en ligne à l'aide des services onworks.net