Il s'agit de la commande bp_run_protdist.plp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
run_neighbor - exécute le programme 'protdist' de Phylip via Bioperl
SYNOPSIS
run_protdist [-i fichier_entrée] [-o nom_fichier_sortie]
DESCRIPTION
Fournissez un fichier d'alignement sur lequel exécuter protdist. Le fichier doit être nommé .aln ou .phy.
Ceci est nécessaire pour que nous puissions déterminer si nous devons convertir un alignement clustalw en
phylip. Vous pouvez étendre le script pour travailler sur d'autres formats MSA que bioperl
les soutiens. Ceci est destiné à être utilisé dans des pipelines manuels très simples.
Le fichier d'entrée doit être nommé sous la forme file.phy ou file.aln le programme attend un
fichier sous la forme (\S+)\.(\S+).
Cela exécutera l'application 'protdist' en utilisant la formule 'KIMURA' pour construire une protéine
matrice de distance. Ceux avec phylip3.6 voudront apporter quelques modifications s'ils veulent utiliser
JTT. Je suis heureux d'aider à ajouter ceci en tant qu'argument de ligne de commande si cela est demandé.
Utilisez bp_run_protdist.plp en ligne à l'aide des services onworks.net