Il s'agit de la commande cluster3 qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
cluster3 — Eisen-clustering des données de microarray
SYNOPSIS
cluster3 [-f nom de fichier] [-l 0|1] [-u nom du travail] [-g [0..9]] [-e [0..9]] [-m [msca]] [-k
numéro] [-s 0|1] [-x numéro] [-y numéro]
OPTIONS
-h--aide Afficher le résumé des options.
-f nom de fichier
dépôt de fichier
-u nom du travail
Vous permet de spécifier un nom différent pour les fichiers de sortie (la valeur par défaut est dérivée
à partir du nom du fichier d'entrée)
-l 0 | 1 Spécifie s'il faut log-transformer les données (la valeur par défaut est 0, pas de log-transform)
-k nombre Spécifie s'il faut exécuter le clustering k-means au lieu du clustering hiérarchique,
et le nombre de clusters k à utiliser (par défaut : 0)
-x nombre Spécifie la dimension horizontale de la grille SOM (par défaut : 2)
-y nombre Spécifie la dimension verticale de la grille SOM (par défaut : 1)
-s 0 | 1 Spécifie s'il faut calculer un SOM au lieu d'un clustering hiérarchique
(par défaut : 0)
-v --version
Afficher la version du programme.
-g [0..9] Spécifie la mesure de distance pour le regroupement de gènes 0 : aucun regroupement de gènes 1 :
Corrélation non centrée 2 : Corrélation de Pearson 3 : Corrélation non centrée, valeur absolue 4 :
Corrélation de Pearson, valeur absolue 5 : Corrélation de rang de Spearman 6 : tau de Kendall 7 :
Distance euclidienne 8 : Distance euclidienne additionnée de façon harmonique 9 : Distance de pâté de maisons
(par défaut : 1)
-e [0..9] Spécifie la mesure de distance pour le clustering de puces à ADN 0 : Pas de clustering 1 :
Corrélation non centrée 2 : Corrélation de Pearson 3 : Corrélation non centrée, valeur absolue 4 :
Corrélation de Pearson, valeur absolue 5 : Corrélation de rang de Spearman 6 : tau de Kendall 7 :
Distance euclidienne 8 : Distance euclidienne additionnée de façon harmonique 9 : Distance de pâté de maisons
(par défaut : 0)
-m [msca] Spécifie la méthode de clustering hiérarchique à utiliser m : Complète par paire-
liaison s : liaison simple par paire c : liaison par paires centroïde a : moyenne par paire-
liaison (par défaut : m)
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