Il s'agit de la commande create_matrix qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
create_matrix - calcule la matrice de similarité de l'abondance du génome
SYNOPSIS
créer_matrice [Options] DES NOMS
DESCRIPTION
Calculer la matrice de similarité.
Tout d'abord, un ensemble de lectures est simulé pour chaque génome de référence à l'aide d'un simulateur de lecture de
core/tools.py spécifié via -s. Deuxièmement, les lectures simulées de chaque espèce sont cartographiées
contre tous les génomes de référence en utilisant le mappeur spécifié avec -m. Troisièmement, le résultat
Les fichiers SAM sont analysés pour calculer la matrice de similarité. La matrice de similarité est stockée
en tant que fichier numpy (-o).
OPTIONS
DES NOMS Nom de fichier du fichier de noms ; le fichier de noms en texte brut doit contenir un nom par
ligne. Le nom est utilisé comme identifiant dans tout l'algorithme.
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
-s SIMULATEUR, --simulateur=SIMULATEUR
Identifiant du simulateur de lecture défini dans core/tools.py [par défaut : aucun]
-r RÉF, --référence=REF
Modèle de fichier de séquence de référence pour le simulateur de lecture. L'espace réservé pour le nom est
"%s". [par défaut : ./ref/%s.fasta]
-m CARTOGRAPHE, --mappeur=CARTOGRAPHE
Identifiant du mappeur défini dans core/tools.py [par défaut : aucun]
-i INDICE, --indice=INDEX
Fichiers d'index de référence pour le mappeur de lecture. L'espace réservé pour le nom est "%s".
[par défaut : ./ref/%s.fasta]
-t TEMPÉRATURE, --temp=TEMP
Répertoire pour stocker les jeux de données simulés temporaires et les fichiers SAM. [par défaut : ./temp]
-o EN DEHORS, --output=ARCHIVER
Fichier de matrice de similarité de sortie. [par défaut : ./similarity_matrix.npy]
Utilisez create_matrix en ligne à l'aide des services onworks.net