Il s'agit de la commande fastaq-filter qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fastaq_filter - Filtrer les séquences pour en obtenir un sous-ensemble
DESCRIPTION
utilisation : fastaq_filter [options]
Filtre un fichier de séquence par longueur de séquence et/ou par nom correspondant à une expression régulière
positionnel arguments:
infile Nom du fichier d'entrée à filtrer
fichier de sortie
Nom du fichier de sortie
optionnel arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
--Longueur minimale INT
Longueur minimale de la séquence à conserver [0]
--longueur maximale INT
Longueur maximale de la séquence à conserver [inf]
--expression régulière REGEX
Si donné, seules les lectures avec un nom correspondant à l'expression régulière seront conservées
--fichier_ids NOM DE FICHIER
Si elle est donnée, seules les lectures dont l'ID se trouve dans le fichier donné seront utilisées. Un identifiant par ligne de
fichier.
-v, --inverser
Ne conserver que les séquences qui ne correspondent pas aux filtres
mat filet en lire paires options:
--mate_in NOM DE FICHIER
Nom du fichier d'entrée des contraintes. S'il est utilisé, doit également fournir --mate_out
--mate_out NOM DE FICHIER
Nom du fichier de sortie des contraintes
--Both_Mates_Pass
Par défaut, si l'un des deux passe le filtre, alors les deux lisent la sortie. Utilisez ce drapeau pour
exiger que les deux lectures d'une paire passent le filtre
Utilisez fastaq-filter en ligne en utilisant les services onworks.net