Il s'agit de la commande gmx-h2order qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-h2order - Calculer l'orientation des molécules d'eau
SYNOPSIS
gmx h2commande [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nm [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-xvg ] [-d ]
[-sl ]
DESCRIPTION
gmx h2commande calcule l'orientation des molécules d'eau par rapport à la normale du
boîte. Le programme détermine le cosinus moyen de l'angle entre le moment dipolaire de
l'eau et un axe de la boîte. La boîte est divisée en tranches et l'orientation moyenne par
la tranche est imprimée. Chaque molécule d'eau est affectée à une tranche, par période, en fonction de
la position de l'oxygène. Lorsque -nm est utilisé, l'angle entre le dipôle d'eau et le
l'axe du centre de masse à l'oxygène est calculé au lieu de l'angle entre le
dipôle et un axe de boîte.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fichier d'index
-nm [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xvg>] (commande.xvg)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-d (Z)
Prendre la normale sur la membrane dans la direction X, Y ou Z.
-sl (0)
Calculer le paramètre d'ordre en fonction de la longueur de la boîte, en divisant la boîte dans ce nombre
de tranches.
CONNUE QUESTIONS
· Le programme attribue des molécules d'eau entières à une tranche, en fonction du premier atome de trois
dans le groupe de fichiers d'index. Il suppose un ordre O,H,H. Le nom n'est pas important, mais l'ordre
est. Si cette demande n'est pas satisfaite, l'affectation des molécules aux tranches est différente.
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