Il s'agit de la commande hmm2align qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
hmm2align - aligner les séquences sur un profil HMM
SYNOPSIS
hmm2aligner [choix] fichier hmm2 fichier seq
DESCRIPTION
hmm2aligner lit un fichier HMM à partir de fichier hmm et un ensemble de séquences de fichier seq, aligne le
séquences vers le HMM de profil et génère un alignement de séquences multiples.
fichier seq peut être dans n'importe quel format de fichier non aligné ou aligné accepté par HMMER. Si c'est dans un
format d'alignement multiple (par exemple Stockholm, MSF, SELEX, ClustalW), l'alignement existant
est ignoré (c'est-à-dire que les séquences sont lues comme si elles n'étaient pas alignées - hmm2align s'alignera
eux comme il veut).
OPTIONS
-h Imprimer une brève aide ; inclut le numéro de version et un résumé de toutes les options, y compris
options d'experts.
-m Incluez dans l'alignement uniquement les symboles alignés pour correspondre aux états. Ne montre pas
symboles affectés aux états d'insertion.
-o Enregistrer l'alignement dans un fichier au lieu de la sortie standard.
-q calmer; supprimer toutes les sorties à l'exception de l'alignement lui-même. Utile pour la tuyauterie ou
rediriger la sortie.
EXPERT OPTIONS
--informat
Affirmer que l'entrée fichier seq est au format ; ne pas exécuter le format Babelfish
autodétection. Cela augmente quelque peu la fiabilité du programme, car le
Babelfish peut faire des erreurs ; particulièrement recommandé pour sans surveillance, haute-
exécutions de débit de HMMER. Les chaînes de format valides incluent FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL et PHYLIP. Consultez le Guide de l'utilisateur pour un
Liste complète.
--mapali
Lit un alignement à partir d'un fichier et l'aligne en tant qu'objet unique sur le HMM ; par exemple
l'alignement dans est tenu fixe. Cela vous permet d'aligner des séquences sur un modèle
avec hmm2aligner et les visualiser dans le contexte d'un multiple de confiance existant
alignement. L'alignement à l'alignement est défini par une « carte » conservée dans le HMM,
et est donc rapide et garanti pour être cohérent avec la façon dont le HMM a été construit
de l'alignement. L'alignement dans le fichier doit être exactement l'alignement
à partir duquel le HMM a été construit. Comparez les --avecali option.
--une ligne
Sortir l'alignement avec une ligne par séquence, plutôt que d'entrelacer le
blocs d'alignement de séquences. Affecte uniquement la sortie au format Stockholm.
--outformat
Sortir l'alignement au format . Le format par défaut est Stockholm. Formats valides
comprennent Stockholm, SELEX, MSF, Clustal, Phylip et A2M.
--avecali
Lit un alignement à partir d'un fichier et l'aligne en tant qu'objet unique sur le HMM ; par exemple
l'alignement dans est tenu fixe. Cela vous permet d'aligner des séquences sur un modèle
avec hmm2aligner et les visualiser dans le contexte d'un multiple de confiance existant
alignement. L'alignement à l'alignement se fait avec une heuristique (non optimale)
procédure de programmation dynamique, qui peut être quelque peu lente et n'est pas garantie
être tout à fait cohérent avec la façon dont le HMM a été construit (bien qu'il devrait être
tout près). Cependant, n'importe quel alignement peut être utilisé, pas seulement l'alignement que le
HMM a été construit à partir de. Comparez les --mapali option.
Utilisez hmm2align en ligne en utilisant les services onworks.net