Il s'agit de la commande indigo-depict qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
indigo-depict - utilitaire de rendu des molécules et des réactions
SYNOPSIS
indigo-représenter infile.{mol,rxn,cml,smi} fichier de sortie.{png,svg,pdf} [paramètres]
indigo-représenter infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [paramètres]
indigo-représenter fichier infile.smi fichier de sortie.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [paramètres]
indigo-représenter - Nos fichier de sortie.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [paramètres]
indigo-représenter -Aide
DESCRIPTION
indigo-représenter est utilisé pour représenter des molécules.
OPTIONS
indigo-représenter peut lire les fichiers d'entrée ou le code SMILES à partir de l'entrée standard. Ceux-ci peuvent être
suivi d'un ou plusieurs des paramètres suivants.
-w
Largeur de l'image en pixels
-h
Hauteur de l'image en pixels
-lier
Longueur de liaison moyenne en pixels
-marges
Marges horizontales et verticales, en pixels. Pas de marges par défaut
-épaisseur
Définir le facteur d'épaisseur relative. La valeur par défaut est 1.0
-largeur de ligne
Définissez le facteur de largeur de la ligne de liaison. La valeur par défaut est 1.0
-étiquette
Définir le mode d'affichage de l'étiquette de l'atome. La valeur par défaut est terminal-hétéro
-hydraulique
Afficher les hydrogènes implicites. La valeur par défaut est on
-[de]arôme
Forcer la [dé]aromatisation
-stéréo
Mode d'affichage des stéréogroupes. La valeur par défaut est et les sites anciens
-cdbwsa
Centrer les doubles liaisons qui ont une liaison stéréo adjacente (désactivée par défaut)
-mettre en doute Traiter l'entrée comme une molécule de requête ou une réaction (désactivée par défaut)
-intelligents
Traiter l'entrée comme une molécule de requête ou une réaction SMARTS (désactivée par défaut)
-idfield
Champ SDF/RDF à mettre à la place de '%s' dans les noms des fichiers sauvegardés (la valeur par défaut est
molécule/numéro de réaction)
-catalyseurs
Placement des catalyseurs de réaction par rapport à la flèche. La valeur par défaut est ci-dessus et ci-dessous
-commenter
Commentaire texte à mettre au dessus de la molécule ou de la réaction. Aucune valeur par défaut
-commentoffset
Espace vertical (en pixels) entre le commentaire et la structure
-champ de commentaire
Utiliser le champ SDF/RDF spécifié comme commentaire
-nom du commentaire
Utiliser le nom de la molécule/de la réaction comme commentaire
-taille des commentaires
Facteur de taille de police du commentaire de texte par rapport à l'épaisseur de la liaison. La valeur par défaut est 6
-commentos
Position du commentaire de texte (en bas par défaut)
-commentalign <0..1>
Alignement du commentaire de texte, une valeur flottante : 0 = gauche, 0.5 = centre, 1 = droit
-coloration
Activer/désactiver la coloration. La valeur par défaut est on
-hlépais
Activer la surbrillance avec des lignes épaisses et des caractères gras
-hlcouleur
Activez la surbrillance avec la couleur. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]
-bgcolor
Définissez la couleur d'arrière-plan. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]
-couleur de base
Définissez la couleur de premier plan par défaut. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]
-aamcolor
Définissez la couleur des index AAM. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]
-dsgcolor
Définissez la couleur des données SGroups. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]
-commentcolor
Définissez la couleur du commentaire. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]
-nombres d'atomes
Afficher les numéros d'atome (à des fins de débogage uniquement)
-numéros d'obligations
Afficher les numéros de liaison (à des fins de débogage uniquement)
-basé sur un
Démarrez les indices d'atomes et d'obligations à partir d'un. La valeur par défaut est de zéro
-Aide Imprimer ce message d'aide
EXEMPLES
indigo-représenter fichier.mol fichier de sortie.png -coloration de rabais -arom
indigo-représenter base de données.sdf molécule_%s.png -idfield cdbregno -épaisseur 1.1
indigo-représenter base de données.smi base de données.sdf
indigo-représenter - CC.[O-][*-]([O-])=O requête.png -mettre en doute
indigo-représenter - OCO>>CC(C)N réaction.rxn
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