Il s'agit de la commande kalign qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
kalign - effectue un alignement multiple de séquences biologiques.
SYNOPSIS
kaligner [fichier infile.fasta] [fichieroutfile.fasta] [Options]
kaligner [-je fichier infile.fasta] [-O fichieroutfile.fasta] [Options]
kaligner [< fichier infile.fasta] [> fichieroutfile.fasta] [Options]
DESCRIPTION
Kalign est un outil en ligne de commande pour effectuer un alignement multiple de séquences biologiques. Ce
utilise l'algorithme de correspondance de chaîne Muth?Manber, pour améliorer à la fois la précision et la vitesse
de l'alignement. Il utilise une approche globale et progressive d'alignement, enrichie par l'emploi d'un
algorithme approximatif de correspondance de chaîne pour calculer les distances de séquence et en incorporant
correspondances locales dans l'alignement autrement global.
OPTIONS
-s -gpo -gapopen -écart_ouvert x
Écart ouvert pénalité.
-e -gpe -écart_ext -extension d'écart x
Pénalité d'extension de l'écart.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Pénalités d'écart terminal.
-m -prime -matrice_bonus x
Une constante ajoutée à la matrice de substitution.
-c -sorte <entrée, arbre, lacunes.>
Ordre dans lequel les séquences apparaissent dans l'alignement de sortie.
-g -fonctionnalité
Sélectionne le mode de fonctionnalité et spécifie les fonctionnalités à utiliser : par exemple, toutes, maxplp,
STRUCT, PFAM-A ?
-même_feature_score
Score pour l'alignement des mêmes caractéristiques.
-diff_feature_score
Pénalité pour alignement de différentes caractéristiques.
-d -distance <wu, paire>
Méthode des distances
-b -arbre -arbre-guide <NJ, upgma>
Méthode de l'arbre guide.
-z -zcoupure
Paramètre utilisé dans le calcul de distance basé sur wu-manber.
-i -in -saisir
Nom du fichier d'entrée.
-o -en dehors -sortir
Nom du fichier de sortie.
-a -écart_inc
Augmente les pénalités d'écart en fonction du nombre d'écarts existants.
-f -format <rapide, MSF, aln, cl, macsim>
Le format de sortie.
-q -silencieux
N'imprimez rien sur STDERR. Ne rien lire de STDIN.
Références
· Timo Lassmann et Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - un multiple précis et rapide
algorithme d'alignement de séquences. BMC Bioinformatique 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings et Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2 :
alignement multiple haute performance de séquences protéiques et nucléotidiques permettant
caractéristiques externes. Nucleic Acid Research 3:858-865.
AUTEURS
thym Lasmann <timolassmann@gmail.com>
Auteur en amont de Kalign.
Charles Plessy <plessy@debian.org>
A écrit la page de manuel.
DROIT D'AUTEUR
Copyright © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalign est un logiciel libre. Vous pouvez le redistribuer et/ou le modifier selon les termes des
Licence publique générale GNU telle que publiée par la Free Software Foundation.
Cette page de manuel a été écrite par Charles Plessyplessy@debian.org> pour la Debian(TM)
système (mais peut être utilisé par d'autres). La permission est accordée de copier, distribuer et/ou
modifier ce document dans les mêmes conditions que kalign lui-même.
Sur les systèmes Debian, le texte complet de la licence publique générale GNU version 2 peut être
trouvé dans /usr/share/common-licenses/GPL-2.
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