Il s'agit de la commande placnet qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
placnet - Projet de réseau de constellations plasmidiques
DESCRIPTION
Placnet est un nouvel outil d'analyse des plasmides dans les projets NGS. Placenet est optimisé pour fonctionner
avec les séquences Illumina mais il fonctionne également avec 454, Iontorrent ou n'importe lequel des actuels
technologies de séquence.
L'entrée de placnet est un ensemble de contigs et un ou plusieurs fichiers SAM avec le mappage des
se lit par rapport aux contigs. Placnet obtient un ensemble de fichiers, faciles à ouvrir sur Cytoscape
logiciels ou autres outils réseau.
OPTIONS
Écrire un modèle de fichier d'entrée
placenet -produire
Processus réseau
placenet -f fichier d'entrée.txt -p préfixe -l m.
-f=s Fichier d'entrée pour l'analyse PLACNET.
-p=s Nom du préfixe pour les fichiers de sortie (par défaut « placnet »).
-l=s Longueur minimale du contig jusqu'au processus d'échafaudage (par défaut '200').
Utilisez placnet en ligne à l'aide des services onworks.net