Il s'agit de la réparation de commande qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
repair - un composant de la suite de sous-lecture
UTILISATION
réparation [choix] -i -o
Arguments requis :
-i
Nom du fichier d'entrée. Format BAM par défaut.
-o
Nom du fichier de sortie. Le fichier de sortie est au format BAM.
Arguments facultatifs :
-S Le fichier d'entrée est au format SAM.
-c Compressez le fichier BAM de sortie. Cela réduira la taille du fichier BAM, mais
augmenter le temps de récupération des lectures du fichier BAM.
-T
Nombre de threads du processeur. 8 par défaut.
-d N'ajoutez pas de lectures factices pour les lectures singleton.
-t N'incluez pas les séquences et les scores de qualité des lectures dans le fichier de sortie.
Utiliser la réparation en ligne à l'aide des services onworks.net