Il s'agit de la commande sumatra qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
sumatra - comparaison et regroupement rapides et exacts de séquences
SYNOPSIS
sumatra [choix] [jeu de données2]
DESCRIPTION
Sumatra calcule tous les scores LCS (Longest Common Subsequence) par paires d'un
ensemble de données nucléotidiques ou entre deux ensembles de données nucléotidiques.
OPTIONS
-h [A]elp - imprimer aider
-l La longueur de la séquence de référence est la plus courte.
-L La longueur de la séquence de référence est la plus grande.
-a La longueur de la séquence de référence est la longueur de l'alignement (par défaut).
-n Le score est normalisé par la longueur de la séquence de référence (par défaut).
-r Score brut, non normalisé.
-d Le score est exprimé en distance (par défaut : le score est exprimé en similarité).
-t ##.##
Seuil de score. Si le score est normalisé et exprimé en similarité (par défaut),
c'est une identité, par exemple 0.95 pour une identité de 95 %. Si le score est normalisé et
exprimé en distance, il vaut (1.0 - identité), par exemple 0.05 pour une identité de 95 %.
Si le score n'est pas normalisé et exprimé en similarité, c'est la longueur du
Sous-séquence commune la plus longue. Si le score n'est pas normalisé et exprimé en
distance, c'est (longueur de référence - longueur LCS).
Seules les paires de séquences avec une similarité supérieure à ##.## sont imprimées. Par défaut : 0.00 (non
seuil).
-p ## Nombre de threads utilisés pour le calcul (par défaut=1).
-g les n sont remplacés par des a (par défaut : les séquences avec des n sont ignorées).
-x Ajoute quatre colonnes supplémentaires avec le nombre et la longueur des deux séquences.
jeu de données1
(Premier argument) le jeu de données nucléotidiques à analyser
jeu de données2
(Deuxième argument) éventuellement le deuxième ensemble de données nucléotidiques
RÉSULTATS
Description du tableau des résultats
colonne 1 : séquence d'identifiants 1
colonne 2 : séquence d'identifiants 2
colonne 3 : Note
colonne 4 : Décompte de la séquence 1 (uniquement avec option -x)
colonne 5 : Décompte de la séquence 2 (uniquement avec option -x)
colonne 6 : Longueur de la séquence 1 (uniquement avec option -x)
colonne 7 : Longueur de la séquence 2 (uniquement avec option -x)
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