Il s'agit de la commande xplor2gmx qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
xplor2gmx - Convertir les restrictions de distance XPLOR au format Gromacs
SYNOPSIS
xplor2gmx (résidu décalage) entrée.pdb
DESCRIPTION
xplor2gmx lit un fichier d'entrée XPLOR avec des données de restriction de distance comme on en trouve parfois dans
la base de données pdb (http://www.pdb.org). A partir de ce fichier d'entrée, les restrictions dièdres doivent être
supprimé, de sorte que seules les restrictions de distance sont laissées. Le script peut gérer des ambiguïtés
contraintes. Il convertit les contraintes de distance au format GROMACS.
Un fichier de contraintes (.dat) doit être fourni sur STDIN, et un fichier de sortie approprié (.itp) est
envoyé à STDOUT.
EXEMPLES
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restrictions.dat > disre.itp
OPTIONS
xplor2gmx nécessite deux options de ligne de commande : d'abord, l'offset résiduel (entier) ; seconde,
le nom de fichier .pdb. Le fichier pdb doit avoir des numéros d'atome corrects.
Utilisez xplor2gmx en ligne en utilisant les services onworks.net