Il s'agit de l'application Linux nommée KMC-KaiC à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom KMC_KaiC_Original.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée KMC-KaiC pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN:
KMC-KaiC pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION:
Ce code est un algorithme Kinetic Monte Carlo (KMC) dédié qui simule un modèle de l'horloge circadienne Kai post-traductionnelle.Le code vous permet de simuler le système Kai au niveau des hexamères et monomères KaiC individuels et suit explicitement le renouvellement de chaque nucléotide ATP. En dehors de l'hydrolyse de l'ATP, toutes les réactions obéissent à un équilibre détaillé.
L'application du code est décrite dans notre article intitulé « A Thermodynamically cohérence model of the post-translational Kai circadian clock », qui est disponible gratuitement dans la revue en libre accès PLOS Computational Biology :
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*MISE À JOUR* Nous avons créé une version entièrement réversible de notre modèle, y compris les réactions inverses pour l'hydrolyse de l'ATP. Cela permet d'exécuter le modèle à l'équilibre thermodynamique. Cette version du modèle peut être téléchargée sous KMC_KaiC_Rev.zip.
Si vous souhaitez utiliser notre modèle pour vos propres recherches, veuillez citer notre article PLoS Computational Biology.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
C + +
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.