Il s'agit de l'application Linux nommée RUbioSeq à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom de RUbioSeq3.8.1.tgz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée RUbioSeq pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN:
RUbioSeq pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION:
La demande croissante d'études de séquençage de nouvelle génération (NGS) a souligné la nécessité de pipelines intégrés et fiables pour analyser les expériences de séquençage en profondeur de manière efficace. Nous présentons RUbioSeq+, une application autonome et multiplateforme pour l'analyse intégrée des données NGS. Plus précisément, notre logiciel met en œuvre des pipelines pour l'analyse de la variation de nucléotide unique et du nombre de copies, des expériences de bisulfite-seq et de ChIP-seq en utilisant des outils bien établis pour effectuer ces tâches courantes. RUbioSeq+ est gratuit et inclut toutes les fonctionnalités de base implémentées dans la version originale de RUbioSeq (v3.2.1) mais, également, surpasse et étend les capacités de RUbioSeq prenant en charge l'analyse parallélisée de génomes complets dans les fermes informatiques. RUbioSeq+ intègre également une nouvelle interface graphique conçue pour les groupes de recherche interdisciplinaires où les bioinformaticiens et les chercheurs biomédicaux travaillent ensemble.Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/rubioseq/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.