Il s'agit de l'application Linux nommée BIRAP dont la dernière version peut être téléchargée en tant que Sample_Files.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée BIRAP avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN:
BIRAP
DESCRIPTION:
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) est un pipeline Perl open source facile à utiliser qui peut être utilisé pour ré-annoter des génomes bactériens à l'aide de données expérimentales. L'outil intègre le profil d'expression dérivé de l'ARN-seq et/ou de la protéogénomique, le compare à l'annotation in silico existante et aide à valider l'annotation, à identifier de nouvelles régions codantes pour les protéines, l'ARN non codant putatif ainsi qu'à corriger les erreurs dans l'annotation existante . Le pipeline nécessite une sortie "pileup" de SAMtools pour les données RNA-seq et le fichier de locus peptide/ePST (GFF) de l'outil de cartographie protéogénomique pour les données protéogénomiques avec le génome et l'annotation in silico existante. Lorsque des informations concernant le locus des promoteurs et des terminateurs dans le génome (au format .coords) sont fournies, le pipeline aidera également à identifier l'ARN non codant.
Features
- analyse de régions intergéniques de génomes bactériens
- ré-annotation de génomes bactériens
- détection de petits ARN (ARNs)
- ARN-séq
- Protéogénomique
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal, ligne de commande
Langage de programmation
Perl
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/birap/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.