Il s'agit de l'application Linux nommée iMSAT à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée en tant que SSRs.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée iMSAT pour fonctionner sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN:
iMSAT pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION:
iMSAT représente une mise à jour complète du programme vcf2MSAT. Ce programme python en ligne de commande permet à un utilisateur d'utiliser les données de polymorphisme générées à l'aide des outils SAM et BAM et un fichier d'alignement .fasta pour rechercher des marqueurs microsatellites polymorphes (MSAT ou STR). En identifiant les fabricants polymorphes, plutôt que de simples régions de répétition comme l'ont fait les programmes précédents, iMSAT augmente considérablement la vitesse à laquelle les MSAT polymorphes peuvent être identifiés, ce qui permet aux chercheurs d'économiser un temps et un argent précieux. Visite http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract pour l'article pdf décrivant l'utilité d'iMSAT et si vous utilisez le programme, veuillez citer cet article comme suit : Andersen et Mills : iMSAT : une nouvelle approche pour le développement de loci microsatellites à l'aide de bibliothèques Illumina à code-barres. BMC Genomics 2014 15:858.Fonctionnalités:
- Identification des microsatellites polymorphes
- Séquençage Illumina
- Analyse génomique
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/imsat/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.