Il s'agit de l'application Linux nommée kSNP dont la dernière version peut être téléchargée sous kSNP4.1-source-code.zip. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée kSNP avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
kSNP
DESCRIPTION:
kSNP4 identifie les SNP pan-génomiques dans un ensemble de séquences génomiques et estime les arbres phylogénétiques sur la base de ces SNP. La découverte de SNP est basée sur l'analyse k-mer et ne nécessite aucun alignement de séquences multiples ni la sélection d'un génome de référence, de sorte que kSNP4 peut prendre en entrée des centaines de génomes microbiens. Un locus SNP est défini par un oligo de longueur k entourant un allèle SNP central. kSNP100 peut analyser à la fois les génomes complets (finis) et les génomes inachevés dans des contigs assemblés ou des lectures brutes et non assemblées. Les génomes finis et inachevés peuvent être analysés ensemble, et kSNP peut télécharger automatiquement les fichiers Genbank des génomes finis et incorporer les informations contenues dans ces fichiers dans l'annotation SNP.
Aucune compétence en programmation n'est requise pour utiliser kSNP4
Gardner, SN et Hall, BG 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak et BG Hall. 2015 Bioinformatique 31 : 2877-2878 doi : 10.1093/bioinformatics/btv271
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.