Il s'agit de l'application Linux nommée MethylExtract dont la dernière version peut être téléchargée sous MethylExtract.tgz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez gratuitement en ligne cette application nommée MethylExtract avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
MéthylExtrait
DESCRIPTION:
MethylExtract est un outil convivial pour générer i) des cartes de méthylation du génome entier de haute qualité et ii) pour détecter la variation de séquence au sein de la même préparation d'échantillon. Le programme est implémenté dans un seul script et prend en compte toutes les principales sources d'erreur : erreurs de séquençage, échec du bisulfite, lectures clonales et variantes d'un seul nucléotide. MethylExtract détecte la variation (SNV - Single Nucleotide Variation) d'une manière similaire à VarScan, une méthode très sensible largement utilisée dans l'appel de SNP et de génotype basé sur des lectures non traitées au bisulfite.
Comment ça marche
- Méthylation et appel SNV à partir des expériences NGS BS-Seq
- Détecte et supprime les doublons potentiels de PCR
- Détection des pannes putatives au bisulfite
- Contrôle des erreurs de séquençage
- Évaluation statistique de la défaillance du bisulfite
- Traitement des fichiers bisulfite SAM / BAM
- Multithreading et contrôle de la mémoire
Langage de programmation
Perl
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/methylextract/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.