Il s'agit de l'application Linux nommée ProGraphMSA dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom de ProGraphMSA-20130709.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée ProGraphMSA avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
ProGraphMSA
DESCRIPTION:
ProGraphMSA est un outil d'alignement de séquences multiples à la pointe de la technologie qui produit des motifs de lacunes phylogénétiquement sensibles tout en maintenant la robustesse en permettant des épissages alternatifs et des erreurs dans le motif de branchement de l'arbre de guidage. Ceci est réalisé en incorporant une représentation de séquence basée sur un graphique comme dans POA et en la combinant avec les avantages de l'algorithme sensible à la phylogénie dans Prank. De plus, nous tenons compte des variations du modèle de substitution en utilisant des fréquences estimées d'acides aminés et en mettant en œuvre des profils spécifiques au contexte comme dans CS-Blast.Les dernières versions de ProGraphMSA incluent une extension du modèle d'alignement pour prendre en charge les insertions et les suppressions d'unités répétées en tandem.
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/prographmsa/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.