Il s'agit de l'application Linux nommée QUASR dont la dernière version peut être téléchargée sous QUASR_v6.08.tar. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée QUASR avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN:
QUASR
DESCRIPTION:
QUASR est un pipeline léger écrit pour traiter et analyser les données de séquençage de nouvelle génération (NGS) des plates-formes Illumina, 454 et Ion Torrent. Bien qu'écrit à l'origine pour les données virales, il est suffisamment générique pour fonctionner sur n'importe quel ensemble de données NGS. Les fonctions incluent :
suppression des doublons
démultiplexage
enlèvement d'apprêt
graphique d'assurance qualité (AQ)
contrôle qualité (CQ)
génération de consensus
détermination de la variante minoritaire
représentation graphique des variantes minoritaires
La version principale actuelle est la 6.X, qui est écrite en Python3. 7.X est ma réécriture en Java, mais est toujours en cours. Les deux sont écrits pour être aussi légers que possible afin qu'ils puissent s'exécuter avec des exigences de mémoire minimales sur un ordinateur de bureau ou un ordinateur portable ainsi que sur un cluster de calcul.
Si vous rencontrez des problèmes avec QUASR, veuillez me contacter à l'adresse e-mail fournie dans le README.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Python
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/quasr/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.