Il s'agit de l'application Linux nommée qure dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom QuRe_v0.99971.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée qure avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN:
qure
DESCRIPTION:
QuRe est un programme de reconstruction de quasi-espèces virales, spécifiquement développé pour analyser les données NGS à lecture longue (>100 pb). Le logiciel effectue des alignements de fragments de séquences par rapport à un génome de référence, trouve une division optimale du génome en fenêtres glissantes en fonction de la couverture et de la diversité et tente de reconstruire toutes les séquences individuelles de la quasi-espèce virale - ainsi que leur prévalence - à l'aide d'une heuristique. algorithme, qui correspond aux distributions multinomiales de variantes virales distinctes se chevauchant à travers la division du génome. QuRe est livré avec une méthode de correction d'erreur de Poisson intégrée et un clustering probabiliste post-reconstruction, tous deux paramétrés sur des taux d'erreur donnés dans les régions homopolymères et non homopolymères.Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/qure/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.