Il s'agit de l'application Linux nommée rRNAFinder dont la dernière version peut être téléchargée en tant que rRNAFinder-v1.1.1.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée rRNAFinder avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
ARNrFinder
DESCRIPTION:
rRNAFinder est un petit logiciel perl, qui peut être utilisé pour prédire et classer automatiquement les gènes de l'ARN du ribosome en utilisant les contigs génome/métagénome assemblés comme entrée. Le logiciel n'a été testé que sur le système d'exploitation Linux.
Le programme "rRNAFinder.pl" inclus dans le package utilise le programme nhmmer pour rechercher dans les bases de données arc.hmm, bac.hmm et euk.hmm pour identifier les gènes d'ARNr à partir des contigs d'entrée. Les gènes d'ARNr prédits comprennent les gènes d'ARNr 16S, 18S, 23S, 28S, 5S et 5.8S.
Le programme "rna2taxon.pl" accepte les séquences de gènes d'ARNr au format fasta générées ci-dessus comme entrée pour produire les affectations taxonomiques pour les gènes d'entrée. Les séquences de gènes d'ARNr d'entrée sont recherchées dans les bases de données SILVA SSU et LSU téléchargées et reformatées à l'aide de blastn.
Veuillez vous référer au fichier README.md du référentiel rRNAFinder GitHub situé à https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder pour obtenir des instructions sur la configuration et l'exécution de rRNAFinder
Fonctionnalités:
- Prédire les gènes d'ARNr (gènes d'ARNr 5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s)
- Affectation taxonomique des gènes d'ARNr prédits à l'aide de la recherche blastn par rapport aux bases de données SILVA SSU et LSU
- Rapide et peut utiliser plusieurs threads CPU
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.