Il s'agit de l'application Linux nommée SnowyOwl dont la dernière version peut être téléchargée sous SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez gratuitement en ligne cette application nommée SnowyOwl avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN:
Harfang des neiges
DESCRIPTION:
SnowyOwl est un pipeline de prédiction de gènes qui utilise les données RNA-Seq pour s'entraîner et fournir des conseils pour la génération de prédictions de gènes basées sur le modèle de Markov caché (HMM) et pour évaluer les modèles résultants. Le pipeline a été validé et rationalisé en comparant ses prédictions à des modèles de gènes sélectionnés manuellement dans trois génomes fongiques, et ses résultats montrent des augmentations substantielles de la sensibilité et de la sélectivité par rapport aux prédictions génétiques précédentes. La sensibilité est obtenue en exécutant à plusieurs reprises le prédicteur de gène HMM Augustus avec des paramètres d'entrée variés, et la sélectivité en choisissant les modèles présentant la meilleure homologie avec les protéines connues et le meilleur accord avec les données RNA-Seq. SnowyOwl a prédit avec succès les gènes de 26 nouveaux génomes fongiques.
Le pipeline peut être installé localement pour un débit élevé et un contrôle de la configuration. Il peut également être exécuté sur un serveur distant via une interface Web pratique pour une utilisation occasionnelle.
Fonctionnalités:
- Prédiction génique à l'aide de données RNA-Seq
- Haute sensibilité et spécificité
- Pipeline rationalisé et validé avec des modèles de gènes sélectionnés manuellement
- Hautement configurable
- Configuration par défaut pour les champignons ascomycètes et basidiomycètes
- Installer et exécuter localement pour plus de contrôle et de flexibilité
- Exécutez à distance via une interface Web pour plus de commodité
Audience
Science/Recherche, Utilisateurs finaux avancés
Interface utilisateur
Basé sur le Web, ligne de commande, GTK+
Langage de programmation
Python, PHP
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.