Il s'agit de l'application Windows nommée Alphafold dont la dernière version peut être téléchargée sous Alphafoldv2.3.2.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Alphafold avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN:
Pli alpha
DESCRIPTION:
Ce package fournit une implémentation du pipeline d'inférence d'AlphaFold v2.0. Il s'agit d'un tout nouveau modèle qui a été entré dans CASP14 et publié dans Nature. Pour plus de simplicité, nous nous référons à ce modèle comme AlphaFold dans le reste de ce document. Toute publication divulguant des découvertes résultant de l'utilisation de ce code source ou des paramètres du modèle doit citer l'article AlphaFold. Veuillez également vous référer aux Informations supplémentaires pour une description détaillée de la méthode. Vous pouvez utiliser une version légèrement simplifiée d'AlphaFold avec ce bloc-notes Colab ou des versions prises en charge par la communauté. La taille totale de téléchargement pour les bases de données complètes est d'environ 415 Go et la taille totale une fois décompressée est de 2.2 To. Veuillez vous assurer que vous disposez d'un espace disque, d'une bande passante et d'un temps de téléchargement suffisants. Nous vous recommandons d'utiliser un SSD pour de meilleures performances de recherche génétique.
Fonctionnalités:
- AlphaFold a besoin de plusieurs bases de données génétiques (séquences) pour fonctionner
- Alors que le code AlphaFold est sous licence Apache 2.0, les paramètres AlphaFold sont mis à disposition pour une utilisation non commerciale
- 5 modèles qui ont été utilisés pendant CASP14, et ont été largement validés pour la qualité de prédiction de structure
- 5 modèles pTM, qui ont été affinés pour produire des pTM
- Le moyen le plus simple d'exécuter AlphaFold est d'utiliser le script Docker fourni
- Par défaut, Alphafold tentera d'utiliser tous les périphériques GPU visibles
Langage de programmation
Python
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/alphafold.mirror/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.