Il s'agit de l'application Windows GMOL, compatible avec Windows Online et Linux Online. Sa dernière version est téléchargeable sous le nom gmol_1.1.jar. Elle est également disponible en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée GMOL pour l'exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN:
GMOL fonctionnera sous Windows en ligne plutôt que sous Linux en ligne
DESCRIPTION:
GMOL est une application conçue pour visualiser la structure du génome en 3D. Il permet aux utilisateurs de visualiser la structure du génome à plusieurs échelles, notamment : globale, chromosomique, loci, fibre, nucléosome et nucléotide. Ce logiciel a été construit sur le package Jmol préexistant par le groupe du professeur Cheng.Le logiciel est développé dans le laboratoire de bioinformatique, d'exploration de données et d'apprentissage automatique du professeur Jianlin Cheng du département d'informatique de l'Université du Missouri - Columbia, États-Unis. Le projet est soutenu par la National Science Foundation (subvention n° DBI1149224).
Si vous utilisez GMOL dans vos recherches, veuillez citer :
Nowotny, Jackson, Avery Wells, Oluwatosin Oluwadare, Lingfei Xu, Renzhi Cao, Tuan Trieu, Chenfeng He et Jianlin Cheng. "GMOL : un outil interactif pour la visualisation 3D de la structure du génome." Rapports scientifiques 6 (2016) : 20802.
Comment ça marche
- Visualisez de manière interactive les structures du génome en 3D
- Prend en charge plusieurs échelles/résolutions : global, chromosome, loci, fibre, nucléosome, nucléotide
- Mesurer les distances et les angles entre les points de la structure
- Faites pivoter et redimensionnez les modèles pour les analyser encore plus
- Sélectionnez des parties de la structure en fonction des informations d'index, d'échelle ou de séquence
- Obtenez la séquence d'ADN pour des structures ou des portions de structures sélectionnées
- Inclut les fonctions Jmol existantes
Audience
Sciences/Recherche, Ingénierie
Langage de programmation
Java
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/gmol/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.