Il s'agit de l'application Windows nommée Pysimony pour s'exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom Pysimony.py. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Pysimony pour une exécution gratuite sous Windows en ligne sur Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
Pysimony pour fonctionner sous Windows en ligne sur Linux en ligne
DESCRIPTION:
MISE À JOUR : après quelques corrections de bugs, j'ai abandonné Pysimony pour Javamony : https://sourceforge.net/projects/javamony/Étant donné la beauté de Python, je sais qu'un jour je devrai finir Pysimony.
Première tentative d'un étudiant pour un programme d'inférence phylogénétique, écrit dans le Python simpliste mais élégant.
Pysimony lit un fichier FASTA (seul ATGC accepté) spécifié comme son seul argument. Des tests de base ont montré qu'il est lent, imprécis et très certainement inefficace. Un arbre qui ne sera probablement pas le plus parcimonieux est imprimé une fois terminé dans le format d'arbre de base de Newick.
Comme toutes les parties du programme sont le travail original d'un programmeur débutant, cela peut représenter l'une des pires approches pour résoudre le problème phylogénétique. J'ai clairement évité la programmation orientée objet.
Néanmoins, je distribue ceci en imaginant qu'il pourrait un jour être légèrement éducatif ou au moins faire rire de la tentative pathétique qu'il fait de réinventer la roue
Features
- Calculateur de parcimonie défectueux
- Lit les fichiers FASTA (uniquement ATGC)
- Arbre de sortie au format Newick
- Mode simple et unique
Audience
Science/Recherche, Éducation
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/pysimony/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.