Il s'agit de l'application Windows nommée Splicing Prediction Pipeline dont la dernière version peut être téléchargée en tant que SPiP_alone_v2_1.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Splicing Prediction Pipeline avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN:
Pipeline de prédiction d'épissage
DESCRIPTION:
SPiP est un outil pour prédire l'altération d'épissage d'un variant en intégrant plusieurs outils de prédiction dans un pipeline global.
/!\ pour la version windows, tous les scores SPiP calculés entre la version 2.0 et 2.1 avant correction sont FAUX, veuillez utiliser la version 2.1 corrigée ou une version ultérieure. Pour la version Linux, les scores SPiP sont corrects.
Vous pouvez également télécharger SPiP au format zip : https://sourceforge.net/projects/splicing-prediction-pipeline/files/SPiP_alone_v2_0.zip
Pour Linux (GitHub) : https://github.com/raphaelleman/SPiP
Si vous avez des questions, veuillez me contacter à : r.leman@baclesse.unicancer.fr or raphael.leman@orange.fr
v2.1 corrigé (07/2021) :
correction du calcul du score
v2.1 (06/2021) :
Le plus strict sur "Modifier par événement complexe"
v2.0 (04/2021) :
Nouveau SPiP avec modélisation de forêt aléatoire
ancien changement détaillé dans https://sourceforge.net/projects/splicing-prediction-pipeline/files/changeLogBeforev2.0.txt
Interface utilisateur
Tk
Langage de programmation
B / R
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/splicing-prediction-pipeline/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.