bp_index - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

bp_index.pl - bp_fetch.pl द्वारा उपयोग के लिए फ़ाइलों को अनुक्रमित करता है

SYNOPSIS

bp_index.pl Index_name फ़ाइल1 फ़ाइल2 आदि।

वर्णन

bp_index.pl तर्क सूची में दी गई अनुक्रम फ़ाइलों के लिए एक बायोपरल इंडेक्स बनाता है,
सूचकांक नाम के अंतर्गत. उदाहरण के लिए

bp_index.pl एनआरडीबी /डेटा/एनआरडीबी/एनआरडीबी.फास्टा

फ़ाइल nrdb.fasta के लिए इंडेक्स नाम के रूप में 'nrdb' नामक एक इंडेक्स बनाएगा, और

bp_index.pl -fmt EMBL स्विस /डेटा/स्विस/*.dat

/data/swiss की उन सभी फ़ाइलों के लिए स्विस नामक एक इंडेक्स बनाएगा जो .dat पर समाप्त होती हैं
ईएमबीएल प्रारूप में हैं।

सूचकांक बायो/इंडेक्स/* मॉड्यूल का उपयोग करके बनाए जाते हैं, विशेष रूप से, बायो:: इंडेक्स:: ईएमबीएल और
बायो::इंडेक्स::फास्टा मॉड्यूल। कोई भी स्क्रिप्ट जो इन मॉड्यूल का उपयोग करती है वह इंडेक्स का उपयोग कर सकती है। ए
अच्छा उदाहरण स्क्रिप्ट bp_fetch है जो अनुक्रम लाता है और उन्हें STDOUT पर पाइप करता है
उदाहरण

bp_fetch स्विस:ROA1_HUMAN

स्विस इंडेक्स से ROA1_HUMAN अनुक्रम प्राप्त करता है और इसे STDOUT पर फास्टा प्रारूप के रूप में लिखता है।

विकल्प

-एफएमटी - फास्टा (डिफ़ॉल्ट), स्विस या ईएमबीएल
-दिर - निर्देशिका जहां सूचकांक फ़ाइलें पाई जाती हैं
(BIOPERL_INDEX पर्यावरण चर को ओवरराइड करता है)

विशेषज्ञ उपयोग के लिए विकल्प

-प्रकार - DBM_फ़ाइल प्रकार.
(BIOPERL_INDEX_TYPE पर्यावरण चर को ओवरराइड करता है)
-v - प्रत्येक सूचकांक जोड़ (डीबगिंग) की रिपोर्ट करें

वातावरण

bp_index और bp_fetch पर्यावरण चर का उपयोग करके समन्वय करते हैं जहां डेटाबेस स्थित हैं
BIOPERL_INDEX. इसे -dir विकल्प का उपयोग करके ओवरराइड किया जा सकता है। इसलिए, कोई डिफ़ॉल्ट मान नहीं है
आपको -dir विकल्प का उपयोग करना होगा या BIOPERL_INDEX सेट करना होगा।

DB प्रकार को BIOPERL_INDEX_TYPE के साथ समन्वित किया जाता है, यदि यह वहां नहीं है, तो डिफ़ॉल्ट होता है
जो कुछ भी बायोपरल मॉड्यूल स्थापित किया गया है, वह स्वयं SDBM_File पर डिफ़ॉल्ट है।

का उपयोग करते हुए IT अपने आप को

bp_index.pl एक स्क्रिप्ट है जो इंडेक्स मॉड्यूल को चलाती है। यदि आप इस स्क्रिप्ट का उपयोग करना चाहते हैं
आपके काम में भारी, अगर यह पर्ल आधारित है, तो इसे देखना लगभग निश्चित रूप से बेहतर है
इस स्क्रिप्ट में कोड डालें और इसे कॉपी करें (संभवतः आप इसका उपयोग करना चाहेंगे
bp_fetch कोड)।

का विस्तार IT

bp_index बायोपरल में पाए जाने वाले जेम्स गिल्बर्ट के उत्कृष्ट इंडेक्स मॉड्यूल के इर्द-गिर्द बस एक आवरण है

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लेखक - ईवान बिरनी

इवान बिरनीबिरनी@ebi.ac.uk>

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