यह कमांड create_matrix है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
create_matrix - जीनोम बहुतायत समानता मैट्रिक्स की गणना करें
SYNOPSIS
create_matrix [विकल्पों] नाम
वर्णन
समानता मैट्रिक्स की गणना करें.
सबसे पहले, रीड सिम्युलेटर का उपयोग करके प्रत्येक संदर्भ जीनोम के लिए रीड्स का एक सेट सिम्युलेटेड किया जाता है
core/tools.py के माध्यम से निर्दिष्ट किया गया है -s. दूसरा, प्रत्येक प्रजाति के सिम्युलेटेड रीड्स को मैप किया जाता है
निर्दिष्ट मैपर का उपयोग करके सभी संदर्भ जीनोम के विरुद्ध -m. तीसरा, परिणामी
समानता मैट्रिक्स की गणना के लिए एसएएम-फ़ाइलों का विश्लेषण किया जाता है। समानता मैट्रिक्स संग्रहीत है
एक सुन्न फ़ाइल के रूप में (-o).
विकल्प
नाम नाम फ़ाइल का फ़ाइल नाम; सादे पाठ नाम फ़ाइल में प्रति नाम एक होना चाहिए
पंक्ति। नाम का उपयोग संपूर्ण एल्गोरिदम में पहचानकर्ता के रूप में किया जाता है।
-h, --मदद
यह सहायता संदेश दिखाएं और बाहर निकलें
-s सिम्युलेटर, --सिम्युलेटर=सिम्युलेटर
Core/tools.py में परिभाषित रीड सिम्युलेटर का पहचानकर्ता [डिफ़ॉल्ट: कोई नहीं]
-r संदर्भ, --संदर्भ=रेफरी
रीड सिम्युलेटर के लिए संदर्भ अनुक्रम फ़ाइल पैटर्न। नाम के लिए प्लेसहोल्डर है
"%एस"। [डिफ़ॉल्ट: ./ref/%s.fasta]
-m मैपर, --मैपर=मैपर
core/tools.py में परिभाषित मैपर का पहचानकर्ता [डिफ़ॉल्ट: कोई नहीं]
-i अनुक्रमणिका, --अनुक्रमणिका=सूचकांक
रीड मैपर के लिए संदर्भ सूचकांक फ़ाइलें। नाम के लिए प्लेसहोल्डर "%s" है।
[डिफ़ॉल्ट: ./ref/%s.fasta]
-t अस्थायी, --अस्थायी=अस्थायी
अस्थायी सिम्युलेटेड डेटासेट और एसएएम फ़ाइलों को संग्रहीत करने के लिए निर्देशिका। [डिफ़ॉल्ट: ./temp]
-o बाहर, --आउटपुट=बाहर
आउटपुट समानता मैट्रिक्स फ़ाइल। [डिफ़ॉल्ट: ./similarity_matrix.npy]
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन create_matrix का उपयोग करें