डेल्टा-फ़िल्टर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

डेल्टा-फ़िल्टर - न्यूमर या प्रोमर से डेल्टा संरेखण फ़ाइल पढ़ें और फ़िल्टर करें
संरेखण

SYNOPSIS

डेल्टा-फ़िल्टर [विकल्प]

वर्णन

-1 1-से-1 संरेखण पुनर्व्यवस्था के लिए अनुमति देता है (प्रतिच्छेदन)। -r और -q संरेखण)

-g 1-टू-1 वैश्विक संरेखण पुनर्व्यवस्था की अनुमति नहीं दे रहा है

-h सहायता जानकारी प्रदर्शित करें

-i नाव
न्यूनतम संरेखण पहचान [0, 100], डिफ़ॉल्ट 0 सेट करें

-l int न्यूनतम संरेखण लंबाई सेट करें, डिफ़ॉल्ट 0

-m अनेक-से-अनेक संरेखण पुनर्व्यवस्था (संघ) की अनुमति देता है -r और -q संरेखण)

-q प्रत्येक क्वेरी की प्रत्येक स्थिति को संदर्भ में उसके सर्वोत्तम हिट के अनुसार मैप करता है, जिससे इसकी अनुमति मिलती है
संदर्भ ओवरलैप होता है

-r प्रत्येक संदर्भ की प्रत्येक स्थिति को क्वेरी में उसके सर्वोत्तम हिट के अनुसार मैप करता है, जिससे इसकी अनुमति मिलती है
क्वेरी ओवरलैप होती है

-u फ़्लोट न्यूनतम संरेखण विशिष्टता, यानी प्रतिशत निर्धारित करें

अद्वितीय संदर्भ और क्वेरी अनुक्रम से मेल खाने वाला संरेखण [0, 100], डिफ़ॉल्ट 0

-o नाव
के लिए अधिकतम संरेखण ओवरलैप सेट करें -r और -q के प्रतिशत के रूप में विकल्प
संरेखण लंबाई [0, 100], डिफ़ॉल्ट 100

-v फ़िल्टर पास करने वाले संरेखण के बजाय छोड़े गए संरेखण को प्रिंट करें

-b मानचित्रों का दोहराव (XOR) -r और -q संरेखण, एक या दूसरा लेकिन दोनों नहीं)

न्यूमर या प्रोमर से डेल्टा संरेखण फ़ाइल को पढ़ता है और संरेखण के आधार पर फ़िल्टर करता है
कमांड-लाइन स्विच पर, केवल वांछित संरेखण को छोड़कर जो आउटपुट हैं
इनपुट के समान डेल्टा प्रारूप में स्टडआउट करें। एकाधिक स्विचों के लिए, संचालन का क्रम
इस प्रकार है: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. यदि किसी संरेखण को पूर्ववर्ती द्वारा बाहर रखा गया है
ऑपरेशन, इसे बाद के ऑपरेशनों द्वारा अनदेखा कर दिया जाएगा।

के बीच एक महत्वपूर्ण अंतर -g विकल्प और -1 और -m विकल्प वह है -g
संरेखण को उनके क्रम में पारस्परिक रूप से सुसंगत होना आवश्यक है, जबकि -1 और -m
विकल्पों को परस्पर सुसंगत होना आवश्यक नहीं है और इसलिए स्थानान्तरण को सहन करना आवश्यक नहीं है,
उलटाव, आदि। सामान्य मामलों में, -m हालाँकि, विकल्प सर्वोत्तम विकल्प है -1 हो सकता है
एसएनपी खोज जैसे अनुप्रयोगों के लिए उपयोगी जिसके लिए 1-टू-1 मैपिंग की आवश्यकता होती है। अंत में, के लिए
किसी संदर्भ जीनोम में क्वेरी कॉन्टिग्स को मैप करना, या अनुक्रमण पढ़ना, उपयोग करें -q।
के साथ मुद्रित प्रतिलिपियाँ -b विकल्प हैं -r और -q संरेखण जो मौजूद नहीं हैं
1-से-1 संरेखण. ये संरेखण भी बीच का अंतर हैं -1 और -m
संरेखण

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