डाइजेस्ट - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

डाइजेस्ट - प्रोटीन प्रोटियोलिटिक एंजाइम या अभिकर्मक दरार साइटों पर रिपोर्ट

SYNOPSIS

संग्रह -सेक्ल Seqall -mwdata डेटा फ़ाइल -मेन्यू सूची -मोनो बूलियन -अनुपयुक्त बूलियन
-रैगिंग बूलियन -टर्मिनी सूची -ओवरलैप बूलियन -सभी आंशिक बूलियन
-आउटफाइल रिपोर्ट

संग्रह -मदद

वर्णन

संग्रह EMBOSS से एक कमांड लाइन प्रोग्राम है ("यूरोपीय आणविक जीवविज्ञान ओपन
सॉफ्टवेयर सूट")। यह "प्रोटीन: मोटिफ़्स" कमांड समूह का हिस्सा है।

विकल्प

निवेश अनुभाग
-सेक्ल Seqall

-mwdata डेटा फ़ाइल
अमीनो एसिड के लिए आणविक भार डेटा डिफ़ॉल्ट मान: Emolwt.dat

अपेक्षित अनुभाग
-मेन्यू सूची
डिफ़ॉल्ट मान: 1

-मोनो बूलियन
डिफ़ॉल्ट मान: नहीं

उन्नत अनुभाग
-अनुपयुक्त बूलियन
ट्रिप्सिन आमतौर पर 'केआर' के बाद कम नहीं होगा यदि उनके बाद 'केआरआईएफएलपी' में से कोई भी हो।
यदि Lys-C के बाद 'P' आता है तो यह आमतौर पर 'K' के बाद कट नहीं करेगा। Arg-C नहीं होगा
सामान्यतः 'R' के बाद काटा जाता है यदि इसके बाद 'P' आता है। V8-बाइकार्ब आमतौर पर इसके बाद नहीं कटेगा
'ई' यदि इसके बाद कोई 'केआरईपी' आता है। V8-फॉस्फ़ सामान्यतः 'DE' के बाद नहीं कटेगा यदि
उनके बाद 'पी' आता है। काइमोट्रिप्सिन आमतौर पर 'FYWLM' के बाद कम नहीं होगा यदि वे हैं
इसके बाद 'पी' है। प्रतिकूल निर्दिष्ट करना इन प्रतिकूल कटों के साथ-साथ दिखाता है
इष्ट.

-रैगिंग बूलियन
अर्ध-विशिष्ट और गैर-विशिष्ट पाचन की अनुमति देता है। यह विकल्प विशेष रूप से उपयोगी है
प्रोटीन पहचान के लिए पेप्टाइड अनुक्रमों की सूची तैयार करने के लिए
मास स्पेक्ट्रोमेट्री।

-टर्मिनी सूची
डिफ़ॉल्ट मान: 1

उत्पादन अनुभाग
-ओवरलैप बूलियन
आंशिक पाचन के लिए उपयोग किया जाता है। पसंदीदा कट साइटों से सभी कट दिखाता है प्लस 1..3, 2..4,
3..5 आदि लेकिन (जैसे) 2..5 नहीं। ओवरलैप इसलिए बिल्कुल एक के साथ टुकड़े हैं
इसके भीतर संभावित कट साइट।

-सभी आंशिक बूलियन
जहां तक ​​ओवरलैप का सवाल है, लेकिन एक से अधिक संभावित कट साइट वाले टुकड़े शामिल हैं।

-आउटफाइल रिपोर्ट

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