एक्सोनरेट-सर्वर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

एक्सोनरेट-सर्वर - एक्सोनरेट के लिए एक अनुक्रम तुलना सर्वर

SYNOPSIS

दोषमुक्त करने वाला सर्वर [ विकल्पों ] <सूचकांक पथ>

वर्णन

दोषमुक्त करने वाला सर्वर एक्सोनरेट अनुक्रम संरेखण कार्यक्रम के लिए एक बहु-थ्रेडेड सर्वर है।

यह बड़े डेटासेट को तेज़ करने की अनुमति देने के लिए अनुक्रमों के एक सेट और संबंधित अनुक्रमणिका फ़ाइल का उपयोग करता है।

अवलोकन

सबसे पहले, ए .esd फ़ाइल अनुक्रम फ़ाइलों से बनाई जानी चाहिए। NS .esd फ़ाइल एक एक्सोनरेट है
अनुक्रम डेटासेट फ़ाइल, और अनुक्रमों के किसी भी सेट को एक साथ समूहित करने के लिए उपयोग किया जा सकता है जहां प्रत्येक
अद्वितीय पहचानकर्ता युक्त अनुक्रम। यह का उपयोग करके किया जाता है Fasta2esd उपयोगिता।

Fasta2esd जीनोम.फास्टा जीनोम.एएसडी

अगला, ए .ईएसआई फ़ाइल मेरी से बनाई जानी चाहिए .esd फ़ाइल। .ईएसआई फ़ाइल एक एक्सोनरेट अनुक्रम है
अनुक्रमणिका फ़ाइल, और इसमें किसी विशेष डेटासेट से संबंधित अनुक्रमणिका या अनुक्रमणिका का सेट होता है।
यह का उपयोग करके किया जाता है esd2esi उपयोगिता।

esd2esi जीनोम.एएसडी जीनोम.esi

एक बार .ईएसआई फ़ाइल उत्पन्न हो गई है, एक्सोनरेट-सर्वर प्रारंभ किया जा सकता है।

दोषमुक्त करने वाला सर्वर जीनोम.esi

जब सर्वर चल रहा हो, तो एक्सोनरेट का उपयोग सर्वर को क्वेरी करने के लिए को बदलकर किया जा सकता है
सर्वर और पोर्ट नंबर के नाम के साथ कमांड लाइन में लक्ष्य अनुक्रम। NS
एक्सोनरेट-सर्वर के लिए डिफ़ॉल्ट पोर्ट नंबर 12886 है।

हक़ बहाल करना query.fasta स्थानीय होस्ट: 12886

विकल्प

एक्सोनरेट-सर्वर के लिए कुछ कमांड लाइन विकल्प के समान हैं
एक्सोनरेट क्लाइंट, और इन्हें मैन पेज में प्रलेखित किया गया है बरी करना RSI
अन्य विकल्प जो विशिष्ट हैं दोषमुक्त करने वाला सर्वर यहाँ प्रलेखित हैं।

--बंदरगाह
उस पोर्ट को निर्दिष्ट करें जिस पर सर्वर को सुनना चाहिए। डिफ़ॉल्ट रूप से, दोषमुक्त करने वाला सर्वर
पोर्ट 12886 पर सुनेगा, लेकिन इस विकल्प के साथ वैकल्पिक पोर्ट निर्दिष्ट किए जा सकते हैं।

--इनपुट <सूचकांक फ़ाइल>
सर्वर प्रारंभ होने पर उपयोग की जाने वाली अनुक्रमणिका फ़ाइल निर्दिष्ट करें। यह विकल्प है
अनिवार्य। अनुक्रमणिका फ़ाइल a . है .ईएसआई द्वारा उत्पन्न फ़ाइल esd2esi उपयोगिता।

--प्रीलोड
डिफ़ॉल्ट रूप से में निहित सूचकांक .ईएसआई फ़ाइल, और अनुक्रमों में संदर्भित
अनुरूप .esd सर्वर शुरू होने पर फ़ाइल मेमोरी में लोड हो जाती है।
तेजी से प्रदर्शन प्राप्त करने के लिए यह आवश्यक है जो अन्यथा बाधित होगा
बार-बार डिस्क एक्सेस। यह विकल्प इंडेक्स और सीक्वेंस प्रीलोडिंग को होने देता है
बंद कर दिया गया है, जो सर्वर को अधिक धीमी गति से चलने की अनुमति देता है, लेकिन तेजी से
स्टार्टअप और एक छोटा मेमोरी फ़ुटप्रिंट। प्रीलोडिंग को बंद करने की सलाह नहीं दी जाती है
जब तक सर्वर का परीक्षण या डिबगिंग न हो।

--मैक्सकनेक्शन
सर्वर मल्टीथ्रेडेड है। यह विकल्प संख्या क्लाइंट प्रक्रियाओं को सेट करता है जो
एक साथ सर्वर से कनेक्ट करने की अनुमति है। अच्छे प्रदर्शन के लिए, यह
उस मशीन पर सीपीयू की संख्या से अधिक पर सेट नहीं किया जाना चाहिए जिस पर
सर्वर चल रहा है।

--वर्बोसिटी
सर्वर के लिए वर्बोसिटी स्तर सेट करें। यदि यह शून्य है, तो सर्वर चुप हो जाएगा,
और संख्या जितनी अधिक होगी, सर्वर द्वारा किसके बारे में अधिक संदेश रिपोर्ट किए जाएंगे
पड़ रही है।

इंटरफ़ेस

यह खंड के बीच संचार इंटरफेस का दस्तावेजीकरण करता है
क्लाइंट और सर्वर। इंटरफ़ेस को उन लोगों के लिए प्रलेखित किया गया है जो लिखना चाहते हैं
अपने स्वयं के कस्टम सर्वर को एक्सोनरेट के पीछे बैठने के लिए - एक्सोनरेट के सामान्य उपयोग के लिए, it
यह जानना आवश्यक नहीं है।

इंटरफ़ेस क्लाइंट द्वारा सरल कमांड लाइन भेजने और सर्वर भेजने का काम करता है
एक सॉकेट पर सरल उत्तर रेखाएँ। सभी आदेश और उत्तर ASCII की सरल रेखाएं हैं
पाठ, इसलिए सर्वर के परीक्षण के लिए क्लाइंट के रूप में टेलनेट का उपयोग करना संभव है।

कोई भी आदेश पाठ की एक पंक्ति है, लेकिन एक उत्तर में पाठ की कई पंक्तियाँ हो सकती हैं। NS
उत्तर के रूप में हैं :

किसी भी उत्तर में टैग के साथ पंक्तियाँ शामिल हो सकती हैं चेतावनी: or त्रुटि: इन चेतावनी: और त्रुटि: टैग
ग्राहक द्वारा प्रतिध्वनित होते हैं, और ग्राहक कोई भी प्राप्त करने के बाद बाहर निकल जाएगा त्रुटि: जवाब दे दो।

जब सर्वर एक बहु-पंक्ति उत्तर दे रहा हो, तो पहली पंक्ति को की संख्या दिखानी चाहिए
पूरे उत्तर में पंक्तियाँ इस प्रकार हैं: लाइनकाउंट: उदाहरण के लिए, से उत्तर देखें मिल
एचएसपीएस नीचे दिए गए उदाहरण सत्र में आदेश।

क्लाइंट किसी भी सर्वर से केवल एक ही कनेक्शन खोलेगा, हालांकि एक मल्टीथ्रेडेड
सर्वर को स्पष्ट रूप से कई क्लाइंट को एक साथ कनेक्ट करने की अनुमति देने की आवश्यकता होती है।

कमानों और उत्तर प्रयुक्त in एसटी la interface.
आदेश: संस्करण
उत्तर: संस्करण

आदेश: निकास
उत्तर दें: (कोई उत्तर नहीं - सर्वर कनेक्शन बंद कर देता है)

आदेश: डीबीइन्फो
उत्तर: डीबीइन्फो:

RSI डीबीइन्फो कमांड सर्वर पर लोड किए गए डेटाबेस के बारे में जानकारी देता है।
लौटाए गए फ़ील्ड हैं:

या तो डीएनए या प्रोटीन
या तो सॉफ्टमास्क्ड या अनमास्क्ड
डेटाबेस में अनुक्रमों की संख्या
डेटाबेस में सबसे लंबे अनुक्रम की लंबाई
डेटाबेस में सभी अनुक्रमों की कुल लंबाई

आदेश: लुकअप
उत्तर: लुकअप:

लुकअप कमांड का उपयोग बाहरी पहचानकर्ता को आंतरिक में मैप करने के लिए किया जाता है
पहचानकर्ता।

आदेश: मिल पता
उत्तर: seqinfo: [ ]

जानकारी प्राप्त करें कमांड डेटाबेस में अनुक्रम के बारे में जानकारी देता है। NS
लौटाए गए फ़ील्ड हैं:

अनुक्रम लंबाई
एक gcg प्रारूप चेकसम (नीचे देखें)
बाहरी आईडी (उदाहरण के लिए फास्टा हेडर से)
अनुक्रम के लिए एक विवरण पंक्ति (फास्टा से भी
शीर्षलेख), यह फ़ील्ड वैकल्पिक है जिसे छोड़ा जा सकता है।

आदेश: मिल seq
उत्तर: सेक:

get seq कमांड एक लाइन पर पूरा सीक्वेंस लौटाता है।

आदेश: मिल उपसेक
उत्तर:

सबसेक कमांड प्राप्त करें एक अनुक्रम का हिस्सा देता है। क्रम की शुरुआत है
स्थिति शून्य। उदाहरण के लिए सबसेक प्राप्त करें 0 0 10 के पहले 10 ठिकानों को वापस कर देगा
डेटाबेस में पहला अनुक्रम।

आदेश: सेट सवाल
उत्तर: ठीक है:

सर्वर पर क्वेरी अनुक्रम भेजने के लिए seq क्वेरी कमांड का उपयोग किया जाता है। यह
अनुक्रम की लंबाई और gcg चेकसम लौटाता है

आदेश: रेवकॉम्प
उत्तर: ठीक है: किनारा

रेवकॉम्प क्वेरी कमांड सर्वर को रिवर्स क्वेरी को पूरक बनाता है। इस
दो बार क्वेरी भेजने की बैंडविड्थ को सहेजना है।

रेवकॉम्प लक्ष्य कमांड सर्वर को डेटाबेस को अपना मानने के लिए कहना है
उल्टा पूरक। क्लाइंट केवल इस आदेश को खोजते समय भेजता है a
अनुवादित डेटाबेस, इसलिए अधिकांश प्रकार की खोज के लिए इसे लागू करने की आवश्यकता नहीं है।

आदेश: सेट परम
उत्तर: ठीक है:

सेट पैरामीटर कमांड एक्सोनरेट कमांड लाइन से पैरामीटर भेजता है
सर्वर। इस कमांड को क्लाइंट द्वारा बेसिक के लिए अनदेखा किया जा सकता है
कार्यान्वयन, लेकिन इष्टतम प्रदर्शन के लिए इसे नजरअंदाज नहीं किया जा सकता है।

आदेश: मिल एचएसपीएस
उत्तर: एचएसपीसेट: { }
या: hspset: खाली

hsps के सेट प्राप्त करने के लिए get hsps कमांड मुख्य कमांड है। सर्वर
एकाधिक hspsets लौटा सकता है। लौटाए गए फ़ील्ड हैं:

इन HSPsets के लिए लक्ष्य अनुक्रम की आंतरिक आईडी।
hsp क्वेरी प्रारंभ स्थिति
एचएसपी लक्ष्य प्रारंभ स्थिति
एचएसपी लंबाई

अंतिम तीन क्षेत्र एक एचएसपी का प्रतिनिधित्व करते हैं, और एक पर कई बार दोहराया जा सकता है
एचएसपीसेट: उत्तर पंक्ति।

A सरल उदाहरण ग्राहक सर्वर संवाद।
% टेलनेट लोकलहोस्ट 12886
127.0.0.1 की कोशिश की जा रही है...
लोकलहोस्ट.लोकलडोमेन से कनेक्टेड।
एस्केप कैरेक्टर '^]' है।
% संस्करण
संस्करण: एक्सोनरेट-सर्वर 2.0.0
% डीबीइन्फो
डीबीइन्फो: डीएनए सॉफ्टमास्केड 100000 1701 38113579
% लुकअप AA159529.1
लुकअप: 88065
% जानकारी प्राप्त करें 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 स्ट्रैटजीन अग्न्याशय (#937208) होमो सेपियन्स सीडीएनए
% seq 88065 . प्राप्त करें
अनुक्रम: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% उपसेक 88065 10 20 . प्राप्त करें
उपखंड: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% सेट क्वेरी
ठीक: 62 2028
% hsps प्राप्त करें
लाइनकाउंट: 15
एचएसपीसेट: 12423 1 349 41
एचएसपीसेट: 44900 1 356 47
एचएसपीसेट: 61781 1 358 41 36 392 26
एचएसपीसेट: 70065 1 349 41 36 383 26
एचएसपीसेट: 88065 1 1 61
एचएसपीसेट: 91032 1 357 41 36 391 26
एचएसपीसेट: 91442 1 350 41 36 384 26
एचएसपीसेट: 92971 1 348 41 36 382 26
एचएसपीसेट: 94311 1 375 41
एचएसपीसेट: 95381 1 346 41 36 380 26
एचएसपीसेट: 96808 10 385 32 36 410 26
एचएसपीसेट: 88449 18 11 22
एचएसपीसेट: 91036 6 6 56
एचएसपीसेट: 93736 36 400 26
% रेवकॉम्प क्वेरी
ठीक है: क्वेरी स्ट्रैंड रेवकॉम्प
% hsps प्राप्त करें
लाइनकाउंट: 6
एचएसपीसेट: 12564 0 64 26 20 83 41
एचएसपीसेट: 61780 0 266 61
एचएसपीसेट: 29148 0 116 61
एचएसपीसेट: 25849 15 445 22
एचएसपीसेट: 93938 26 265 34
% बाहर जाएं
कनेक्शन विदेशी मेजबान द्वारा बंद कर दिया गया है।

वातावरण

अभी तक दस्तावेज नहीं है।

उदाहरण

1. अनुवादित अनुक्रमणिका बनाने और तेज़ प्रोटीन2जीनोम खोज चलाने का उदाहरण
दोषमुक्त करने वाला सर्वर

Fasta2esd मानव.जीनोमिक.फास्टा मानव.जीनोमिक.एएसडी esd2esi --translate हाँ human.genomic.esd
मानव.जीनोमिक.ट्रांस.esi दोषमुक्त करने वाला सर्वर --पोर्ट 1234 हक़ बहाल करना
pep.fasta localhost:1234 --मॉडल p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

VERSION

यह दस्तावेज़ एक्सोनरेट पैकेज के संस्करण 2.2.0 के साथ आता है।

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