जीएमएक्स-टीसीएएफ - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-टीसीएएफ - तरल पदार्थों की चिपचिपाहट की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स टीसीएएफ [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ओटी [<.xvg>]] [-ओए [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-का [<.xvg>]]
[-ओसी [<.xvg>]] [-वो [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-डीटी ] [-[अभी] [-xvg ] [- [नहीं] मोल] [-[नहीं]k34]
[-डब्ल्यूटी ] [-एकफ्लेन ] [- [नहीं] सामान्य करें] [-P ]
[-फिटफ़एन ] [-बेगिनफिट ] [-एंडफिट ]

वर्णन

GMX tcaf अनुप्रस्थ धारा स्वसहसंबंधों की गणना करता है। इनका उपयोग अनुमान लगाने के लिए किया जाता है
कतरनी चिपचिपाहट, एटा। विवरण के लिए देखें: पामर, फिजिक्स। रेव. ई 49 (1994) पीपी 359-366।

अनुप्रस्थ धाराओं की गणना k-वेक्टर (1,0,0) और (2,0,0) प्रत्येक का उपयोग करके की जाती है
la y- और z-दिशा, (1,1,0) और (1,-1,0) प्रत्येक 2 अन्य तलों में भी (ये
सदिश स्वतंत्र नहीं हैं) और (1,1,1) और 3 अन्य बॉक्स विकर्ण (भी नहीं
स्वतंत्र)। प्रत्येक k-वेक्टर के लिए साइन और कोसाइन का उपयोग संयोजन में किया जाता है
2 लंबवत दिशाओं में वेग। इससे कुल 16*2*2=64 अनुप्रस्थ प्राप्त होता है
धाराएँ प्रत्येक के-वेक्टर के लिए एक ऑटोसहसंबंध की गणना की जाती है, जो 16 देता है
टीसीएएफ. इनमें से प्रत्येक TCAF को f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W cin(Wv)), v = -t/(2) पर फिट किया गया है
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), जो tau और eta के 16 मान देता है। सटीक
समय स्थिरांक w के साथ वजन तेजी से घटता है (साथ दिया गया है)। -डब्ल्यूटी) exp(-t/w) के रूप में, और
TCAF और फिट की गणना 5*w समय तक की जाती है। ईटा मान को 1 - ए पर फिट किया जाना चाहिए
eta(k) k^2, जिससे कोई k=0 पर कतरनी श्यानता का अनुमान लगा सकता है।

जब बॉक्स घनीय हो, तो कोई विकल्प का उपयोग कर सकता है -ओसी, जो कुल मिलाकर टीसीएएफ का औसत है
समान लंबाई वाले k-वेक्टर। इसके परिणामस्वरूप अधिक सटीक TCAFs प्राप्त होते हैं। दोनों घन
टीसीएएफ और फिट को लिखा जाता है -ओसी क्यूबिक एटा अनुमान भी लिखे गए हैं -वो.

विकल्प के साथ -मोली, अनुप्रस्थ धारा परमाणुओं के बजाय अणुओं से निर्धारित होती है। में
इस मामले में, सूचकांक समूह में परमाणु संख्याओं के बजाय अणु संख्याएँ शामिल होनी चाहिए।

में k-निर्भर चिपचिपाहट -वो फ़ाइल को eta(k) = eta_0 (1 - ak^2) में फिट किया जाना चाहिए
अनंत तरंग दैर्ध्य पर श्यानता प्राप्त करने के लिए।

नोट: सुनिश्चित करें कि आप निर्देशांक और वेग पर्याप्त बार लिखें। प्रारंभिक,
गैर-घातीय, ऑटोसहसंबंध फ़ंक्शन का हिस्सा प्राप्त करने के लिए बहुत महत्वपूर्ण है
अच्छे तरह से फिट होना।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.trr/.cpt/...>] (ट्रेज.टीआरआर)
पूर्ण सटीक प्रक्षेपवक्र: ट्र्र CPT TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर) (वैकल्पिक)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-ओटी [<.xvg>] (ट्रांसकुर.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ओए [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-का [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-ओसी [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-वो [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

- [नहीं] मोल (नहीं)
अणुओं की टीसीएएफ की गणना करें

-[नहीं]k34 (नहीं)
इसके अलावा k=(3,0,0) और k=(4,0,0) का भी उपयोग करें

-डब्ल्यूटी (5)
टीसीएएफ फिट वजन के लिए घातीय क्षय समय

-एकफ्लेन (-1)
ACF की लंबाई, डिफ़ॉल्ट रूप से फ़्रेम की संख्या का आधा है

- [नहीं] सामान्य करें (हाँ)
एसीएफ को सामान्य करें

-P (0)
एसीएफ के लिए लीजेंड्रे बहुपद का क्रम (0 इंगित नहीं करता है): 0, 1, 2, 3

-फिटफ़एन (कोई नहीं)
फ़िट फ़ंक्शन: कोई नहीं, क्स्प, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-बेगिनफिट (0)
समय जहां सहसंबंध समारोह के घातीय फिट शुरू करने के लिए

-एंडफिट (-1)
सहसम्बन्ध फलन के घातांकीय फिट को समाप्त करने का समय, -1 तब तक है जब तक
समाप्त

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