जीएमएक्स-ट्रजॉर्डर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-ट्रजॉर्डर - एक समूह से उनकी दूरी के अनुसार अणुओं को क्रमबद्ध करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स ट्रजॉर्डर [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-डीटी ] [-xvg ] [बनाया ]
[-इन ] [-[नहीं]कॉम] [-r ] [- [नहीं] z]

वर्णन

GMX ट्रजॉर्डर किसी संदर्भ में परमाणुओं से न्यूनतम दूरी के अनुसार अणुओं को क्रमित करता है
समूह या z-समन्वय पर (विकल्प के साथ)। -z). दूरी के आदेश के साथ, यह पूछेगा
संदर्भ परमाणुओं का समूह और अणुओं का एक समूह। प्रक्षेपवक्र के प्रत्येक फ्रेम के लिए
चयनित अणुओं को परमाणुओं के बीच की न्यूनतम दूरी के अनुसार पुन: व्यवस्थित किया जाएगा
संख्या -इन अणु में और संदर्भ समूह के सभी परमाणुओं में। के द्रव्यमान का केन्द्र
सेटिंग द्वारा संदर्भ परमाणु के स्थान पर अणुओं का उपयोग किया जा सकता है -इन से 0. सभी परमाणु
प्रक्षेप पथ को आउटपुट प्रक्षेप पथ पर लिखा जाता है।

GMX ट्रजॉर्डर उदाहरण के लिए प्रोटीन के निकटतम n जल का विश्लेषण करना उपयोगी हो सकता है। के कारण से
मामले में संदर्भ समूह प्रोटीन होगा और अणुओं का समूह शामिल होगा
सभी जल परमाणु. जब पहले एन पानी का एक सूचकांक समूह बनाया जाता है, तो आदेश दिया जाता है
निकटतम जल का विश्लेषण करने के लिए किसी भी GROMACS प्रोग्राम के साथ प्रक्षेप पथ का उपयोग किया जा सकता है।

यदि आउटपुट फ़ाइल a .पीडीबी फ़ाइल में, संदर्भ लक्ष्य की दूरी संग्रहीत की जाएगी
उदाहरण के लिए रस्मोल के साथ रंग भरने के लिए बी-फैक्टर फ़ील्ड।

विकल्प के साथ -nshell त्रिज्या के एक कोश के भीतर अणुओं की संख्या -r चारों ओर
संदर्भ समूह मुद्रित होते हैं.

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xtc/.trr/...>] (ट्रेज.एक्सटीसी)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र CPT gro g96 पीडीबी TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (टॉपोल.टीपीआर)
संरचना + द्रव्यमान (डीबी): TPR gro g96 पीडीबी बीआरके ENT

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.xtc/.trr/...>] (आदेश दिया गया.xtc) (वैकल्पिक)
प्रक्षेपवक्र: परमानंद ट्र्र gro g96 पीडीबी TNG

-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-b (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए पहला फ्रेम (पीएस)

-e (0)
प्रक्षेपवक्र से पढ़ने के लिए अंतिम फ्रेम (पीएस)

-डीटी (0)
केवल फ्रेम का उपयोग करें जब टी एमओडी डीटी = पहली बार (पीएस)

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

बनाया (3)
एक अणु में परमाणुओं की संख्या

-इन (1)
दूरी की गणना के लिए प्रयुक्त परमाणु, 0 COM है

-[नहीं]कॉम (नहीं)
संदर्भ समूह के द्रव्यमान के केंद्र की दूरी का उपयोग करें

-r (0)
अणुओं की संख्या की गणना करते समय दूरी की गणना के लिए कटऑफ का उपयोग किया जाता है
चारों ओर एक खोल, उदाहरण के लिए एक प्रोटीन

- [नहीं] z (नहीं)
अणुओं को z-निर्देशांक पर क्रमबद्ध करें

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