gt-ltrharvest - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gt-ltrharvest - LTR रेट्रोट्रांसपोज़न की भविष्यवाणी करें।

SYNOPSIS

gt फसल कटाई [विकल्प ...] -सूचकांक

वर्णन

-सूचकांक [स्ट्रिंग]
एन्हांस्ड प्रत्यय सरणी अनुक्रमणिका का नाम निर्दिष्ट करें (अनिवार्य) (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-सुविधा [प्रारंभ समाप्त]
इनपुट अनुक्रम में श्रेणी निर्दिष्ट करें जिसमें एलटीआर जोड़े खोजे जाते हैं (डिफ़ॉल्ट:
[0..0])

बीज [मूल्य]
सटीक दोहराव के लिए न्यूनतम बीज लंबाई निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 30)

-मिनलेनल्त्र [मूल्य]
प्रत्येक एलटीआर के लिए न्यूनतम लंबाई निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 100)

-मैक्सलेनलट्र [मूल्य]
प्रत्येक एलटीआर के लिए अधिकतम लंबाई निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 1000)

-मनविद्यार्थी [मूल्य]
एलटीआर स्टार्ट पोजीशन की न्यूनतम दूरी निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 1000)

-मैक्सडिस्टलटीआर [मूल्य]
एलटीआर स्टार्टपोजीशन की अधिकतम दूरी निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 15000)

-समान [मूल्य]
सीमा में समानता सीमा निर्दिष्ट करें [1..100%] (डिफ़ॉल्ट: 85.000000)

-मिंट्सडी [मूल्य]
प्रत्येक टीएसडी के लिए न्यूनतम लंबाई निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 4)

-मैक्सट्सडी [मूल्य]
प्रत्येक टीएसडी के लिए अधिकतम लंबाई निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 20)

-मोटिफ [स्ट्रिंग]
2 न्यूक्लियोटाइड्स स्टार्टमोटिफ + 2 न्यूक्लियोटाइड्स एंडमोटिफ निर्दिष्ट करें: ** (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-मोटिफमिस [मूल्य]
मोटिफ [0,3] में बेमेल की अधिकतम संख्या निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 4)

-विकी [मूल्य]
खोजे जाने वाले न्यूक्लियोटाइड्स (बाएं और दाएं) की संख्या निर्दिष्ट करें
टीएसडी और/या रूपांकनों के लिए अनुमानित एलटीआर रेट्रोट्रांस्पोन्स की 5' और 3' सीमा के आसपास
(डिफ़ॉल्ट: 60)

-ओवरलैप्स [...]
निर्दिष्ट करें नहीं|सर्वोत्तम|सभी (डिफ़ॉल्ट: सर्वोत्तम)

-एक्सड्रॉप [मूल्य]
एक्सटेंशन-संरेखण के लिए xdropbelowscore निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 5)

-माटी [मूल्य]
एक्सटेंशन-संरेखण के लिए मैचस्कोर निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: 2)

-मिसो [मूल्य]
एक्सटेंशन-संरेखण के लिए बेमेल स्कोर निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: -2)

-इंसान [मूल्य]
एक्सटेंशन-संरेखण के लिए इंसर्शनकोर निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: -3)

-डेली [मूल्य]
एक्सटेंशन-एलाइनमेंट के लिए डिलीशनस्कोर निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: -3)

-v [हाँ|नहीं]
वर्बोज़ मोड (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-तबाउट [हाँ|नहीं]
दिखाना पुराना स्टडआउट पर GFF3 के बजाय सारणीबद्ध आउटपुट (डिफ़ॉल्ट: हाँ)

-सीकिड्स [हाँ|नहीं]
GFF3 आउटपुट में अनुक्रम संख्याओं के बजाय अनुक्रम विवरण का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-एमडी5 [हाँ|नहीं]
GFF5 आउटपुट में seqids में MD3 हैश जोड़ें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-लॉन्गआउटपुट [हाँ|नहीं]
अतिरिक्त मूल भाव/TSD आउटपुट (डिफ़ॉल्ट: नहीं)

-बाहर [स्ट्रिंग]
FASTA आउटपुटफाइलनाम निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-बाहरी [स्ट्रिंग]
आंतरिक क्षेत्रों के लिए FASTA आउटपुटफाइलनाम निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-gff3 [स्ट्रिंग]
GFF3 आउटपुट फ़ाइल नाम निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट: अपरिभाषित)

-ऑफसेट [मूल्य]
ऑफसेट GFF3 निर्देशांक में जोड़ा गया (डिफ़ॉल्ट: 0)

स्कैन [हाँ|नहीं]
इंडेक्स को पूरी तरह से मेमोरी में मैप करने के बजाय क्रमिक रूप से स्कैन करें (डिफ़ॉल्ट: हाँ)

-मदद
बुनियादी विकल्पों के लिए सहायता प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

-सहायता+
सभी विकल्पों के लिए सहायता प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

-संस्करण
संस्करण की जानकारी प्रदर्शित करें और बाहर निकलें

अतिरिक्त जानकारी

विस्तृत जानकारी के लिए, कृपया ltrharvest के मैनुअल को देखें।

रिपोर्टिंग बग

बग की रिपोर्ट करेंgt-users@genometools.org>.

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