रिप्रोफ़ - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

रेप्रोफ़ - प्रोटीन माध्यमिक संरचना और विलायक पहुंच की भविष्यवाणी करें

SYNOPSIS

reprof -i [query.blastPsiMat] [विकल्प]

reprof -i [query.fasta] [विकल्प]

reprof -i [query.blastPsiMat|query.fasta] -- उत्परिवर्तन [mutations.txt] [विकल्प]

वर्णन

प्रोटीन द्वितीयक संरचना और विलायक पहुंच की भविष्यवाणी करें।

उत्पादन प्रारूप
आउटपुट स्वरूप स्व-व्याख्यात्मक है, अर्थात आउटपुट के कॉलम्स का वर्णन किया गया है
आउटपुट फ़ाइल स्वयं।

विकल्प

-मैं, --इनपुट=फ़ाइल
इनपुट ब्लास्ट पीएसएसएम मैट्रिक्स फ़ाइल (ब्लास्ट-क्यू विकल्प से) या इनपुट (एकल) फास्टा फ़ाइल।

-ओ, --बाहर=फ़ाइल
या तो एक आउटपुट फ़ाइल या एक निर्देशिका। यदि उपलब्ध नहीं कराया गया है या कोई निर्देशिका, का प्रत्यय
आउटपुट बनाने के लिए इनपुट फ़ाइल नाम (यानी .fasta या .blastPsiMat) को बदल दिया जाता है
फ़ाइल का नाम।

--उत्परिवर्तन=[सभी|फ़ाइल]
सभी संभावित उत्परिवर्तनों की भविष्यवाणी करने के लिए या तो कीवर्ड "सभी" या एक फ़ाइल युक्त
प्रति पंक्ति एक उत्परिवर्तन जैसे कि C के लिए "C12M" को स्थिति 12 पर M में उत्परिवर्तित किया जाता है:

सी२वाई
R31W
G48D

यह उत्परिवर्तन कोड "_" का उपयोग करके आउटपुट फ़ाइल नाम से भी जुड़ा हुआ है। अतिरिक्त
"_ORI" के अंत वाली फ़ाइल में कोई विकासवादी जानकारी का उपयोग करके भविष्यवाणी शामिल है, भले ही a
ब्लास्ट पीएसएसएम मैट्रिक्स प्रदान किया गया था।

--मॉडलडिर=डीआईआर
निर्देशिका जहां मॉडल और फीचर फ़ाइलें संग्रहीत हैं। गलती करना: /usr/share/reprof.

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