हाथापाई - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

हाथापाई - SAM, BAM और CRAM फ़ाइल स्वरूपों के बीच कनवर्ट करता है।

SYNOPSIS

हाथापाई [विकल्पों] [इनपुट फ़ाइल [निर्गम संचिका]]

वर्णन

हाथापाई सहित विभिन्न अगली पीढ़ी के अनुक्रमण संरेखण फ़ाइल स्वरूपों के बीच कनवर्ट करता है
एसएएम, बीएएम और सीआरएएम। यह या तो स्टड को पढ़ने और स्टडआउट पर लिखने या चालू करने के लिए पाइप के रूप में कार्य कर सकता है
नामित फ़ाइलें.

पाइप के रूप में संचालन करते समय इनपुट प्रकार डिफ़ॉल्ट रूप से SAM या BAM पर आ जाता है, जिसकी आवश्यकता होती है -I रत्ता मार
यह इंगित करने का विकल्प उपयुक्त है कि इनपुट CRAM प्रारूप में है। आउटपुट डिफ़ॉल्ट रूप से BAM है, लेकिन
का उपयोग करके समायोजित किया जा सकता है -O प्रारूप विकल्प। जब फ़ाइल नाम दिया जाता है तो फ़ाइल प्रकार होता है
फ़ाइल नाम प्रत्यय के आधार पर स्वचालित रूप से चुना गया।

विकल्प

-I प्रारूप
इनपुट प्रारूप का चयन करता है, जहां प्रारूप सैम, बैम या क्रैम में से एक है। इसका प्रयोग कब करें
यदि का पता लगाने का प्रयास करते समय इनपुट बाइट्स की खपत से बचने के लिए एक पाइप के माध्यम से पढ़ना
इनपुट SAM या BAM प्रारूप में है.

-O प्रारूप
आउटपुट स्वरूप का चयन करता है, जहां प्रारूप सैम, बैम या क्रैम में से एक है।

-1 सेवा मेरे -9
संपीड़न स्तर को 1 (कम संपीड़न, तेज़) से 9 (उच्च संपीड़न,
धीमा) BAM या CRAM प्रारूप में लिखते समय। इसका प्रयोग केवल लिखने के दौरान ही किया जाता है।

-0 or -u
असम्पीडित डेटा लिखता है. BAM में यह अभी भी BGZF कंटेनरों का उपयोग करता है, लेकिन नहीं
आंतरिक संपीड़न. CRAM में यह ब्लॉक को RAW प्रारूप में संग्रहीत करता है। विकल्प
एसएएम आउटपुट पर कोई प्रभाव नहीं पड़ता।

-j केवल CRAM एन्कोडिंग। संभावित रूप से उपयोग किए जाने वाले संपीड़न कोड की सूची में bzip2 जोड़ें
CRAM निर्माण के दौरान.

-Z केवल CRAM एन्कोडिंग। संभावित रूप से उपयोग किए जाने वाले संपीड़न कोड की सूची में lzma जोड़ें
CRAM निर्माण के दौरान. Lzma की धीमी संपीड़न गति को देखते हुए, यह केवल हो सकता है
इसका उपयोग वहां किया जाता है जहां यह zlib या bzip2 पर महत्वपूर्ण लाभ देता है, लेकिन उच्चतर के साथ
संपीड़न स्तर (-7) इस भार को नजरअंदाज कर दिया जाता है क्योंकि LZMA डीकंप्रेसन गति है
स्वीकार्य, यद्यपि अभी भी zlib से धीमा है।

-m केवल CRAM डिकोडिंग। MD:Z: और NM:I: के आधार पर सहायक फ़ील्ड उत्पन्न करें
संदर्भ-आधारित संपीड़न।

-M केवल CRAM एन्कोडिंग। एकाधिक संदर्भों से अनुक्रमों को जबरन एक ही में पैक करें
टुकड़ा। आम तौर पर CRAM एक संदर्भ से बदलते समय एक नया स्लाइस शुरू करेगा
दूसरा, लेकिन फिर भी स्वचालित रूप से बहु-संदर्भ स्लाइस पर स्विच हो जाएगा यदि
प्रति स्लाइस अनुक्रमों की संख्या बहुत कम हो जाती है।

-R रेंज
वर्तमान में केवल CRAM इनपुट के लिए, लेकिन SAM/BAM समर्थन लंबित है। यह इंगित करता है ए
संदर्भ अनुक्रम नाम और वैकल्पिक रूप से उसके भीतर एक प्रारंभ और अंत स्थान
संदर्भ, वाक्यविन्यास का उपयोग करते हुए Ref_name or Ref_name:प्रारंभ-समाप्त. कुशल संचालन के लिए
CRAM फ़ाइल को एक .crai प्रारूप अनुक्रमणिका (का उपयोग करके निर्मित) की आवश्यकता होती है cram_index कार्यक्रम)।

-r संदर्भ एफए
केवल CRAM एन्कोडिंग। संदर्भ fasta फ़ाइल निर्दिष्ट करने के लिए इसका उपयोग करें। ध्यान दें कि यदि
इनपुट SAM या BAM फ़ाइल a फ़ाइल: या स्थानीय फ़ाइल सिस्टम आधारित यूआरआई में निर्दिष्ट
@SQ हेडर तो यह विकल्प आवश्यक नहीं हो सकता है।

-s संख्या
केवल CRAM एन्कोडिंग। प्रति स्लाइस अनुक्रमों की संख्या निर्दिष्ट करता है। के लिए डिफ़ॉल्ट
10000.

-S संख्या
केवल CRAM एन्कोडिंग। प्रति कंटेनर स्लाइस की संख्या निर्दिष्ट करता है। डिफ़ॉल्ट 1.

-t केवल BAM और CRAM। संपीड़न या विसंपीड़न धागों की संख्या निर्दिष्ट करता है,
एन्कोडिंग और डिकोडिंग दोनों के बीच अनुकूल रूप से साझा किया गया। डिफ़ॉल्ट 1 (नहीं)
थ्रेडिंग)।

-V संस्करण_स्ट्रिंग
केवल CRAM एन्कोडिंग। CRAM फ़ाइल स्वरूप संस्करण सेट करता है। समर्थित मान "2.0" हैं,
"2.1" और "3.0"।

-e केवल CRAM एन्कोडिंग। प्रत्येक स्लाइस में संदर्भ अनुक्रम के स्निपेट एम्बेड करें। यह
इसका मतलब है कि संदर्भ फास्टा फ़ाइल को निर्दिष्ट किए बिना फ़ाइलों को डीकोड किया जा सकता है।

-x केवल CRAM एन्कोडिंग। संदर्भ आधारित संपीड़न को हटा दें और इसके बजाय विवरण संग्रहीत करें
हर आधार शब्दशः।

-B प्रायोगिक, केवल एन्कोडिंग। गुणवत्ता मानों को संग्रहित करते समय, 8 असतत में बिन करें
मान (प्लस 0), जैसा कि आमतौर पर आधुनिक इलुमिना उपकरणों द्वारा उपयोग किया जाता है। (ध्यान दें कि
डिब्बे बिल्कुल समान श्रेणी के नहीं हो सकते।)

-! केवल CRAM v3.0 और उससे ऊपर डिकोडिंग। सीआरसी की जांच न करें. यह विकल्प ही होना चाहिए
डेटा भ्रष्टाचार से उबरने का प्रयास करते समय उपयोग किया जाता है।

उदाहरण

संदर्भ MT.fa का उपयोग करके, stdout पर BAM फ़ाइल को stdin से CRAM में कनवर्ट करने के लिए।

कुछ_आदेश | हाथापाई -आई बाम -ओ क्रैम -आर एमटी.एफए | कुछ_आदेश

डिफ़ॉल्ट CRAM आउटपुट स्वरूप संस्करण 3.0 है, इसलिए कोई संस्करण निर्दिष्ट करने की आवश्यकता नहीं है कि कब
2.1 से 3.0 में कनवर्ट करना। विपरीत उपयोग करने के लिए:

हाथापाई -V 2.1 इंच, बाहर, रटना

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