यह कमांड tigr-glimmer3 है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
टाइगर-ग्लिमर - संभाव्यता मॉडल का उपयोग करके जीनोम-फ़ाइल में संभावित जीन ढूंढें/स्कोर करें
आईसीएम फ़ाइल
SYNOPSIS
टाइगर-ग्लिमर3 [जीनोम-फ़ाइल] [आईसीएम फ़ाइल] [[विकल्प]]
वर्णन
बाघ-झलक माइक्रोबियल डीएनए, विशेषकर जीनोम में जीन खोजने की एक प्रणाली है
बैक्टीरिया और आर्किया। बाघ-झलक (जीन लोकेटर और इंटरपोलेटेड मार्कोव मॉडलर) का उपयोग करता है
कोडिंग क्षेत्रों की पहचान करने और उन्हें अलग करने के लिए इंटरपोलेटेड मार्कोव मॉडल (आईएमएम)।
नॉनकोडिंग डीएनए. IMM दृष्टिकोण, हमारे न्यूक्लिक एसिड रिसर्च पेपर में वर्णित है बाघ-
प्रभा 1.0 और हमारे अगले पेपर में बाघ-झलक 2.0, मार्कोव के संयोजन का उपयोग करता है
1 से 8वें क्रम तक के मॉडल, प्रत्येक मॉडल को उसकी पूर्वानुमानित शक्ति के अनुसार महत्व देते हैं।
बाघ-झलक 1.0 और 2.0 अपने आईएमएम में 3-आवधिक गैर-समरूप मार्कोव मॉडल का उपयोग करते हैं।
बाघ-झलक टीआईजीआर में प्राथमिक माइक्रोबियल जीन खोजक है, और इसका उपयोग एनोटेट करने के लिए किया गया है
बी. बर्गडोरफेरी का संपूर्ण जीनोम (फ्रेजर एट अल., नेचर, दिसंबर 1997), टी. पैलिडम
(फ्रेजर एट अल., साइंस, जुलाई 1998), टी. मैरिटिमा, डी. रेडियोड्यूरन्स, एम. ट्यूबरकुलोसिस, और
गैर-टीआईजीआर परियोजनाएं जिनमें सी. ट्रैकोमैटिस, सी. निमोनिया और अन्य शामिल हैं। इसका विश्लेषण करता है
इनमें से कुछ जीनोम और अन्य टीआईजीआर माइक्रोबियल डेटाबेस साइट पर उपलब्ध हैं।
का एक विशेष संस्करण बाघ-झलक छोटे यूकेरियोट्स के लिए डिज़ाइन किया गया, ग्लिमरएम, का उपयोग किया गया था
मलेरिया परजीवी के गुणसूत्र 2 में जीन खोजें, पी. फाल्सीपेरम.. ग्लिमरएम है
एसएल साल्ज़बर्ग, एम. पर्टिया, एएल डेल्चर, एमजे गार्डनर, और एच. टेटेलिन में वर्णित है,
"यूकेरियोटिक जीन खोज के लिए इंटरपोलेटेड मार्कोव मॉडल," जीनोमिक्स 59 (1999), 24-31।
यहाँ क्लिक करें (http://www.tigr.org/software/glimmerm/) GlimmerM साइट पर जाने के लिए, जो
इसमें GlimmerM सिस्टम को डाउनलोड करने के तरीके के बारे में जानकारी शामिल है।
RSI बाघ-झलक सिस्टम में दो मुख्य प्रोग्राम होते हैं। इनमें से पहला है ट्रेनिंग
प्रोग्राम, बिल्ड-आईएमएम। यह प्रोग्राम अनुक्रमों का एक इनपुट सेट लेता है और बनाता है और आउटपुट देता है
उनके लिए आईएमएम। ये अनुक्रम पूर्ण जीन या केवल आंशिक ऑर्फ़ हो सकते हैं। एक नये के लिए
जीनोम, इस प्रशिक्षण डेटा में मजबूत डेटाबेस हिट वाले जीन भी शामिल हो सकते हैं
बहुत लंबे खुले पठन फ़्रेम जिनका सांख्यिकीय रूप से जीन होना लगभग निश्चित है।
दूसरा कार्यक्रम ग्लिमर है, जो संपूर्ण रूप से अनुमानित जीन की पहचान करने के लिए इस आईएमएम का उपयोग करता है
जीनोम। बाघ-झलक अधिकांश अतिव्यापी जीनों के बीच टकराव को स्वचालित रूप से हल करता है
उनमें से एक को चुनना. यह उन जीनों की भी पहचान करता है जिनके वास्तव में ओवरलैप होने का संदेह है, और
उपयोगकर्ता द्वारा बारीकी से निरीक्षण के लिए इन्हें चिह्नित करें। ये ``संदिग्ध'' जीन उम्मीदवार रहे हैं
अब तक विश्लेषण किए गए सभी जीनोम के कुल का एक बहुत छोटा प्रतिशत। बाघ-झलक
एक ऐसा कार्यक्रम है जो...
विकल्प
-C n स्वतंत्र मॉडल के GC प्रतिशत के रूप में n का उपयोग करें
नोट: n एक प्रतिशत होना चाहिए, उदाहरण के लिए, -C 45.2
-एफ स्टार्ट कोडन चुनने के लिए राइबोसोम-बाध्यकारी ऊर्जा का उपयोग करें
+f ओआरएफ में पहले कोडन को शुरुआती कोडन के रूप में उपयोग करें
-g n न्यूनतम जीन लंबाई को n पर सेट करें
-i फ़ाइल का नाम
उपयोग फ़ाइल का नाम सेवा मेरे चयन क्षेत्रों of कुर्सियां कि रहे बंद सीमा, so कि नहीं कुर्सियां
अंदर कि क्षेत्र मर्जी be जांच
-l वृत्ताकार जीनोम के बजाय रैखिक मान लें, यानी, कोई आवरण नहीं
-L फ़ाइल का नाम
ओआरएफ की एक सूची निर्दिष्ट करने के लिए फ़ाइल नाम का उपयोग करें जिन्हें अलग से स्कोर किया जाना चाहिए, संख्या के साथ
ओवरलैप नियम
-M इनपुट अलग-अलग जीनों की एक मल्टीफ़ास्टा फ़ाइल है जिसे अलग-अलग स्कोर किया जाना है, जिसमें कोई नहीं है
ओवरलैप नियम
-o n न्यूनतम ओवरलैप लंबाई को n पर सेट करें। इससे छोटे ओवरलैप को नजरअंदाज कर दिया जाता है।
-p n न्यूनतम ओवरलैप प्रतिशत को n% पर सेट करें। ओवरलैप इस प्रतिशत से छोटा है
*दोनों* तारों को नजरअंदाज कर दिया जाता है।
-q n अधिकतम लंबाई निर्धारित करें जिसे स्वतंत्र के कारण अस्वीकार किया जा सकता है
संभाव्यता स्कोर कॉलम (एन - 1)
-r स्वतंत्र संभाव्यता स्कोर कॉलम का उपयोग न करें
+r स्वतंत्र संभाव्यता स्कोर कॉलम का उपयोग करें
-r स्वतंत्र संभाव्यता स्कोर कॉलम का उपयोग न करें
-s s प्रारंभ कोडन खोजने के लिए राइबोसोम बाइंडिंग पैटर्न के रूप में स्ट्रिंग एस का उपयोग करें।
+S सख्त स्वतंत्र इंटरजेनिक मॉडल का उपयोग करें जो संभावनाएं नहीं देता है
इन-फ़्रेम स्टॉप कोडन। (विकल्प अप्रचलित है क्योंकि अब यही एकमात्र व्यवहार है
-t n n को जीन के रूप में कॉल करने के लिए थ्रेशोल्ड स्कोर सेट करें। यदि इन-फ़्रेम स्कोर >= n है, तो
क्षेत्र को एक संख्या दी जाती है और एक संभावित जीन माना जाता है।
-w n अस्थायी जीन n या उससे अधिक समय पर "कमजोर" स्कोर का उपयोग करें। कमजोर स्कोर को नजरअंदाज करें
स्वतंत्र संभाव्यता स्कोर.
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