यह वेलवेटग_लॉन्ग कमांड है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
Velvetg_long - डी ब्रुइज़न ग्राफ़ निर्माण, त्रुटि निवारण और दोहराव समाधान
(लंबे अनुक्रम)
वर्णन
उपयोग: ./velvetg निर्देशिका [विकल्प]
डायरेक्टरी
: कार्यशील निर्देशिका का नाम
स्टैण्डर्ड विकल्प हैं:
-कोव_कटऑफ
: टूर बस के बाद कम कवरेज नोड्स को हटाना या सिस्टम को इसका अनुमान लगाने की अनुमति देना
(डिफ़ॉल्ट: कोई निष्कासन नहीं)
-इंस_लंबाई
: दो युग्मित अंत के बीच अपेक्षित दूरी पढ़ता है (डिफ़ॉल्ट: कोई पठन जोड़ी नहीं)
-read_trkg
: असेंबली में शॉर्ट रीड पोजीशन की ट्रैकिंग (डिफ़ॉल्ट: कोई ट्रैकिंग नहीं)
-min_contig_lgth
: contigs.fa फ़ाइल में निर्यात की गई न्यूनतम कॉन्टिग लंबाई (डिफ़ॉल्ट: हैश लंबाई * 2)
-अमोस_फाइल
: एएमओएस फ़ाइल में निर्यात असेंबली (डिफ़ॉल्ट: कोई निर्यात नहीं)
-exp_cov
: अद्वितीय क्षेत्रों की अपेक्षित कवरेज या सिस्टम को इसका अनुमान लगाने की अनुमति दें
(डिफ़ॉल्ट: कोई लंबा या युग्मित-अंत रीड रिज़ॉल्यूशन नहीं)
-long_cov_कटऑफ : दौरे के बाद कम लंबे समय तक पढ़े जाने वाले कवरेज वाले नोड्स को हटाना
बस
(डिफ़ॉल्ट: कोई निष्कासन नहीं)
उन्नत विकल्प हैं:
-इंस_लंबाई*
: दो युग्मित-अंत के बीच अपेक्षित दूरी संबंधित शॉर्ट-रीड में पढ़ता है
डेटासेट (डिफ़ॉल्ट: कोई पठन जोड़ी नहीं)
-इंस_लेंथ_लॉन्ग
: दो लंबे युग्मित अंत के बीच अपेक्षित दूरी पढ़ता है (डिफ़ॉल्ट: कोई पठन जोड़ी नहीं)
-इंस_लंबाई*_एसडी
: संबंधित डेटासेट का अनुमानित मानक विचलन (डिफ़ॉल्ट: संगत का 10%)
लंबाई)
['*' को कुछ भी नहीं, '2' या '_long' को आवश्यकतानुसार बदलें]
-साफ करना
: कंटिग्स की मचान युग्मित अंत जानकारी का उपयोग करती है (डिफ़ॉल्ट: चालू)
-अधिकतम_शाखा_लंबाई
: बुलबुले के आधार जोड़े में अधिकतम लंबाई (डिफ़ॉल्ट: 100)
-मैक्स_डाइवर्जेंस : बुलबुले में दो शाखाओं के बीच अधिकतम विचलन दर
(डिफ़ॉल्ट: 0.2)
-मैक्स_गैप_काउंट
: बुलबुले की दो शाखाओं के संरेखण में अनुमत अंतराल की अधिकतम संख्या
(डिफ़ॉल्ट: 3)
-मिन_पेयर_काउंट
: दो लंबे समय के मचान को सही ठहराने के लिए युग्मित अंत कनेक्शनों की न्यूनतम संख्या
अंजीर (डिफ़ॉल्ट: 5)
-मैक्स_कवरेज
: टूर बस के बाद उच्च कवरेज नोड्स को हटाना (डिफ़ॉल्ट: कोई निष्कासन नहीं)
-कवरेज_मास्क
: अंजीर के भरोसेमंद क्षेत्रों के लिए आवश्यक न्यूनतम कवरेज (डिफ़ॉल्ट: 1)
-long_multi_cutoff
: कंटिग्स को मर्ज करने के लिए आवश्यक लॉन्ग रीड्स की न्यूनतम संख्या (डिफ़ॉल्ट: 2)
-अप्रयुक्त_पढ़े
: अप्रयुक्त रीड्स को UnusedReads.fa फ़ाइल में निर्यात करें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)
-संरेखण
: संदर्भ अनुक्रमों के लिए संदर्भ संरेखण का सारांश निर्यात करें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)
-निर्यात फ़िल्टर किया गया
: कवरेज फ़िल्टर द्वारा समाप्त किए गए लंबे नोड्स को निर्यात करें (डिफ़ॉल्ट: नहीं)
-स्वच्छ
: उन सभी मध्यस्थ फ़ाइलों को हटा दें जो पुनर्गणना के लिए बेकार हैं (डिफ़ॉल्ट:
ना)
-बहुत साफ
: सभी मध्यस्थ फाइलों को हटा दें (कोई पुनर्गणना संभव नहीं है) (डिफ़ॉल्ट: नहीं)
-युग्मित_एक्सप_अंश
: सभी युग्मित अंत कनेक्शनों को हटा दें जो के निर्दिष्ट अंश से कम हैं
अपेक्षित गणना (डिफ़ॉल्ट: 0.1)
-शॉर्टमेटपेयर्ड*
: मेट-जोड़ी पुस्तकालयों के लिए, इंगित करें कि पुस्तकालय दूषित हो सकता है
युग्मित अंत पढ़ता है (डिफ़ॉल्ट संख्या)
- लंबे समय तक संरक्षित करें
: उनमें लंबे समय तक पढ़ने वाले अनुक्रमों को संरक्षित करें (डिफ़ॉल्ट संख्या)
आउटपुट:
निर्देशिका/contags.fa
: दोगुने हैश लंबाई से अधिक लंबी अंजीर की फास्टा फ़ाइल
निर्देशिका/stats.txt
: उपयुक्त कवरेज कटऑफ निर्धारित करने के लिए उपयोगी आँकड़े फ़ाइल (टैब-स्पेस)
निर्देशिका/अंतिमग्राफ
: अंतिम ग्राफ़ पर सभी जानकारी के साथ विशेष स्वरूपित फ़ाइल
निर्देशिका/मखमली_asm.afg
: (यदि अनुरोध किया गया है) AMOS संगत असेंबली फ़ाइल
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन Velvetg_long का उपयोग करें