यह कमांड xplor2gmx है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
xplor2gmx - XPLOR दूरी प्रतिबंधों को Gromacs प्रारूप में बदलें
SYNOPSIS
xplor2gmx (अवशेष) ऑफसेट) इनपुट.पीडीबी
वर्णन
xplor2gmx दूरी संयम डेटा के साथ एक XPLOR इनपुट फ़ाइल पढ़ता है जैसा कि कभी-कभी पाया जाता है
पीडीबी डेटाबेस (http://www.pdb.org) इस इनपुट फ़ाइल से डायहेड्रल प्रतिबंध होना चाहिए
हटा दिया जाता है, जैसे कि केवल दूरी की पाबंदियां बची हैं। लिपि अस्पष्ट को संभाल सकती है
प्रतिबंध यह दूरी प्रतिबंधों को GROMACS प्रारूप में परिवर्तित करता है।
एसटीडीआईएन पर एक प्रतिबंध फ़ाइल (.dat) प्रदान की जानी चाहिए, और एक उपयुक्त आउटपुट फ़ाइल (.itp) है
एसटीडीओयूटी को भेजा गया।
उदाहरण
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb <Restraints.dat> disre.itp
विकल्प
xplor2gmx दो कमांड लाइन विकल्पों की आवश्यकता है: पहला, अवशेष ऑफसेट (पूर्णांक); दूसरा,
.pdb फ़ाइल नाम। Pdb फ़ाइल में सही परमाणु संख्याएँ होनी चाहिए।
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके xplor2gmx ऑनलाइन का उपयोग करें