यह rRNAFinder नाम का Linux ऐप है जिसकी नवीनतम रिलीज़ को rRNAFinder-v1.1.1.zip के रूप में डाउनलोड किया जा सकता है। इसे वर्कस्टेशन के लिए मुफ्त होस्टिंग प्रदाता ऑनवर्क्स में ऑनलाइन चलाया जा सकता है।
rRNAFinder नाम के इस ऐप को OnWorks के साथ मुफ्त में ऑनलाइन डाउनलोड करें और चलाएं।
इस ऐप को चलाने के लिए इन निर्देशों का पालन करें:
- 1. इस एप्लिकेशन को अपने पीसी में डाउनलोड करें।
- 2. हमारे फ़ाइल प्रबंधक में https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस उपयोगकर्ता नाम के साथ दर्ज करें जो आप चाहते हैं।
- 3. इस एप्लिकेशन को ऐसे फाइल मैनेजर में अपलोड करें।
- 4. इस वेबसाइट से ऑनवर्क्स लिनक्स ऑनलाइन या विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैकोज़ ऑनलाइन एमुलेटर शुरू करें।
- 5. ऑनवर्क्स लिनक्स ओएस से आपने अभी शुरुआत की है, हमारे फाइल मैनेजर को https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस यूजरनेम के साथ जाएं जो आप चाहते हैं।
- 6. एप्लिकेशन डाउनलोड करें, इसे इंस्टॉल करें और इसे चलाएं।
आरआरएनएफाइंडर
विवरण:
आरआरएनएफाइंडर एक छोटा पर्ल सॉफ्टवेयर पैकेज है, जिसका उपयोग इनपुट के रूप में इकट्ठे जीनोम/मेटागेनोम कॉन्टिग्स का उपयोग करके स्वचालित रूप से राइबोसोम आरएनए जीन की भविष्यवाणी और वर्गीकरण करने के लिए किया जा सकता है। सॉफ़्टवेयर का परीक्षण केवल लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम पर किया गया था।
पैकेज में शामिल "rRNAFinder.pl" प्रोग्राम इनपुट कॉन्टिग्स से rRNA जीन की पहचान करने के लिए arc.hmm, bac.hmm, और euk.hmm डेटाबेस के विरुद्ध खोज करने वाले nhmmer प्रोग्राम का उपयोग करता है। अनुमानित आरआरएनए जीन में 16एस, 18एस, 23एस, 28एस, 5एस और 5.8एस आरआरएनए जीन शामिल हैं।
"rna2taxon.pl" प्रोग्राम इनपुट जीन के लिए टैक्सोनोमिक असाइनमेंट का उत्पादन करने के लिए इनपुट के रूप में उपरोक्त जेनरेट किए गए फास्टा प्रारूप आरआरएनए जीन अनुक्रमों को स्वीकार करता है। इनपुट आरआरएनए जीन अनुक्रमों को ब्लास्टएन का उपयोग करके डाउनलोड और पुन: स्वरूपित सिल्वा एसएसयू और एलएसयू डेटाबेस के विरुद्ध खोजा जाता है।
कृपया यहां स्थित rRNAFinder GitHub रिपॉजिटरी से README.md फ़ाइल देखें https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder rRNAFinder को कॉन्फ़िगर करने और चलाने के निर्देशों के लिए
विशेषताएं
- आरआरएनए जीन की भविष्यवाणी करें (5एस, 5.8एस, 16एस, 18एस, 23एस, 28एस आरआरएनए जीन)
- सिल्वा एसएसयू और एलएसयू डेटाबेस के विरुद्ध ब्लास्टन खोज का उपयोग करके अनुमानित आरआरएनए जीन का वर्गीकरण असाइनमेंट
- तेज़ और एकाधिक सीपीयू थ्रेड का उपयोग कर सकता है
दर्शक
विज्ञान/अनुसंधान
यूजर इंटरफेस
कमांड लाइन
श्रेणियाँ
यह एक एप्लिकेशन है जिसे https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/ से भी प्राप्त किया जा सकता है। हमारे निःशुल्क ऑपरेटिव सिस्टमों में से एक से सबसे आसान तरीके से ऑनलाइन चलाने के लिए इसे ऑनवर्क्स में होस्ट किया गया है।