यह VarScan नाम का Linux ऐप है जिसकी नवीनतम रिलीज़ को VarScan.v2.3.9.jar के रूप में डाउनलोड किया जा सकता है। इसे वर्कस्टेशन के लिए मुफ्त होस्टिंग प्रदाता ऑनवर्क्स में ऑनलाइन चलाया जा सकता है।
ऑनवर्क्स के साथ VarScan नाम के इस ऐप को ऑनलाइन डाउनलोड करें और चलाएं।
इस ऐप को चलाने के लिए इन निर्देशों का पालन करें:
- 1. इस एप्लिकेशन को अपने पीसी में डाउनलोड करें।
- 2. हमारे फ़ाइल प्रबंधक में https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस उपयोगकर्ता नाम के साथ दर्ज करें जो आप चाहते हैं।
- 3. इस एप्लिकेशन को ऐसे फाइल मैनेजर में अपलोड करें।
- 4. इस वेबसाइट से ऑनवर्क्स लिनक्स ऑनलाइन या विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैकोज़ ऑनलाइन एमुलेटर शुरू करें।
- 5. ऑनवर्क्स लिनक्स ओएस से आपने अभी शुरुआत की है, हमारे फाइल मैनेजर को https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX उस यूजरनेम के साथ जाएं जो आप चाहते हैं।
- 6. एप्लिकेशन डाउनलोड करें, इसे इंस्टॉल करें और इसे चलाएं।
स्क्रीनशॉट:
वारस्कैन
विवरण:
बड़े पैमाने पर समानांतर अनुक्रमण में वेरिएंट का पता लगाना। एक नमूने के लिए, एसएनपी, इंडल्स और सर्वसम्मति जीनोटाइप कहते हैं। ट्यूमर-सामान्य जोड़े के लिए, आगे प्रत्येक प्रकार को जर्मलाइन, सोमैटिक, या एलओएच के रूप में वर्गीकृत करता है, और दैहिक प्रतिलिपि संख्या परिवर्तनों का भी पता लगाता है। नवीनतम संस्करण गीथूब पर उपलब्ध है
विशेषताएं
- SAMtools पाइलअप फाइलों से SNPs और Indels को कॉल करता है
- कवरेज के आधार पर वेरिएंट को फ़िल्टर करता है, गहराई, वेरिएंट फ़्रीक्वेंसी और बेस क्वालिटी को पढ़ता है
- ट्यूमर-सामान्य जोड़े के लिए दैहिक स्थिति (दैहिक, रोगाणु, LOH) निर्धारित करता है
- वेरिएंट की दो सूचियों की तुलना, विलय और प्रतिच्छेद करता है
- लक्ष्य स्थितियों या लक्षित क्षेत्रों के एक समूह के लिए भिन्न कॉलों को सीमित करता है
- गैर वाणिज्यिक उपयोग के लिए मुफ़्त।
दर्शक
विज्ञान/अनुसंधान
यूजर इंटरफेस
कमांड लाइन
प्रोग्रामिंग भाषा
जावा
श्रेणियाँ
यह एक ऐसा एप्लिकेशन है जिसे https://sourceforge.net/projects/varscan/ से भी प्राप्त किया जा सकता है। इसे ऑनवर्क्स में होस्ट किया गया है ताकि इसे हमारे एक फ्री ऑपरेटिव सिस्टम से सबसे आसान तरीके से ऑनलाइन चलाया जा सके।