Ini adalah perintah bowtie2-build yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
bowtie2-build - pembungkus untuk bowtie2-build-*
RINGKASAN
dasi kupu-kupu2-build [Pilihan]*
DESKRIPSI
Bowtie 2 versi 2.2.6 oleh Ben Langmead (langmea@cs.jhu.edu, www.cs.jhu.edu/~langmea)
referensi_in
daftar file yang dipisahkan koma dengan urutan ref
bt2_index_base
tulis data bt2 ke file dengan dir/nama dasar ini
*** Indeks Bowtie 2 hanya berfungsi dengan v2 (bukan v1). Demikian juga untuk indeks v1. ***
PILIHAN
-f file referensi adalah Fasta (default)
-c urutan referensi yang diberikan pada baris cmd (sebagai )
--indeks-besar
paksa indeks yang dihasilkan menjadi 'besar', bahkan jika ref memiliki kurang dari 4 miliar
nukleotida
-a//-noauto
nonaktifkan otomatis -p//bmax/--dcv memory-fitting
-p/--penuh sesak
gunakan string yang dikemas secara internal; lebih lambat, lebih sedikit memori
--bmaks
max bucket sz untuk pembuat suffix-array blockwise
--bmaxdivn
max bucket sz sebagai pembagi ref len (default: 4)
--dcv
periode diff-cover untuk blockwise (default: 1024)
--nodc nonaktifkan diff-cover (algoritma menjadi kuadrat)
-r//-noref
jangan buat file indeks .3/.4
-3//-justref
cukup buat file indeks .3/.4
-o//-offrate
SA diambil sampelnya setiap 2^ Karakter BWT (default: 5)
-t//ftabchars
# karakter yang digunakan dalam pencarian awal (default: 10)
--benih
benih untuk generator nomor acak
-q/--diam
keluaran verbose (untuk debugging)
-h/--Tolong
cetak deskripsi rinci alat dan opsinya
--penggunaan
cetak pesan penggunaan ini
--Versi: kapan
informasi versi cetak dan keluar
Gunakan bowtie2-build online menggunakan layanan onworks.net